文件名称：Minipolish:Racon抛光微型组件的工具
文件大小：254KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-25 09:22:38
Python
目录 介绍 是一个很好的长期使用的组装工具：简单，有效且非常快速。 但是，它不包括抛光步骤，因此其组件具有很高的错误率-它们基本上是由缝合在一起的长读取片段制成。 是一种出色的抛光工具，可用于清除装配错误。 它也非常快，非常适合长时间读取的数据。 但是，它对FASTA文件起作用，而不是对miniasm生成的起作用。 这就是Minipolish的用处。只需一个命令，它将使用Racon抛光一个miniasm装配体，同时将装配体保持为图形形式。 它还照顾了抛光miniasm组件的其他一些细微差别： 将读取的深度信息添加到重叠群 修复Racon中可能发生的序列截断 向循环重叠群添加循环链接（如果尚不存在）（因此它们在显示得更好） 在抛光轮之间“旋转”圆形重叠区，以确保干净的圆形化 要求 Minipolish假定您已安装minimap2和Racon并在PATH中可用。 如果您可以在命令行
【文件预览】：
Minipolish-main
----minipolish-runner.py(1004B)
----.coveragerc(26B)
----images()
--------logo.png(220KB)
----test()
--------test_misc.py(4KB)
--------test_racon.fasta(5KB)
--------test_alignment.py(2KB)
--------README.md(463B)
--------test_racon.py(2KB)
--------test_assembly_graph.py(7KB)
----LICENSE(34KB)
----requirements.txt(13B)
----minipolish()
--------racon.py(5KB)
--------alignment.py(2KB)
--------misc.py(7KB)
--------__main__.py(10KB)
--------__init__.py(0B)
--------help_formatter.py(4KB)
--------log.py(2KB)
--------version.py(875B)
--------assembly_graph.py(10KB)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(1KB)
----README.md(8KB)
----miniasm_and_minipolish.sh(688B)