文件名称：safepy：功能丰富的空间分析（SAFE）的Python实现
文件大小：7.6MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-07 14:05:32
bioinformatics computational-biology network-analysis enrichment-analysis Python
介绍 SAFE（或功能丰富的空间分析）是一种自动化的网络注释算法。 给定一个生物网络和一组感兴趣的功能组或定量特征，SAFE会进行局部富集分析，以确定每个组或特征对网络中哪些区域的代表过多。 SAFE可视化网络并将检测到的富集映射到网络上。 SAFE最初是在MATLAB中实现的，并存储在 。 但是，从2017年初开始，仅出于传统目的维护MATLAB实现。 与SAFE相关的新工作正在移至Python和此存储库。 警告。 该软件包仍在开发中。 请谨慎使用。 入门 SAFE需要Python 3和extras/requirements.txt列出的一组软件包。 我们建议设置虚拟环境并通过pip安装所有必需的软件包： cd safepy/ virtualenv -p python3.6 safepy_env source safepy_env/bin/activate pip install
【文件预览】：
safepy-master
----utils()
--------make_go.py(10KB)
----safe.py(47KB)
----safe_extras.py(2KB)
----__init__.py(0B)
----examples()
--------Example_1_GI_network_doxorubicin.ipynb(5.56MB)
--------Example_2_New_network_GO.ipynb(4.8MB)
----LICENSE(34KB)
----safe_default.ini(855B)
----README.md(3KB)
----safe_io.py(20KB)
----tests()
--------test_neighborhoods.py(2KB)
--------test_enrichments.py(3KB)
--------test_imports.py(1KB)
----.gitignore(54B)
----safe_colormaps.py(824B)
----extras()
--------requirements.txt(136B)