文件名称：BactDating:细菌系统发生树上祖先日期的贝叶斯推断
文件大小：2.89MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-30 08:17:46
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约会 BactDating的目标是对细菌系统发生树的节点执行贝叶斯约会。 这通常涉及同时进行分子时钟频率和聚结速度的贝叶斯估计。 其他功能包括推断根位置，丢失采样日期和不同的进化模型。 安装 您可以使用以下命令从github安装BactDating： devtools :: install_github( " xavierdidelot/BactDating " ) 然后可以使用以下方式加载该软件包： library( BactDating ) 例子 这是用法的基本示例。 首先，我们生成1990年至2010年之间每年只有一片叶子的合并树： tree = simcoaltree( 1990 : 2010 ) plot( tree ) ape :: axisPhylo( backward = F ) 接下来，我们基于此定时树生成观察到的系统发育，并执行从根到顶的分析： obsph