文件名称：codacore：此仓库包含用于重现我们的论文“学习稀疏对数比”的结果的代码
文件大小：32KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-04 06:53:47
R
柯达可乐 此仓库包含用于重现我们的论文《》中结果的代码。 如果您只是想在自己的数据集上使用CoDaCoRe（或者如果您出于其他任何原因只想下载CoDaCoRe），则应直接转到 （对于python用户）或 （对于R用户）。 重现性： 请注意，此存储库只是我们用于本文的代码的快照。 保留它是为了提高可重复性，但是它不会更新，也不是最干净的代码。 要重现我们的分析并复制我们的图形和表格，请在代码目录中执行编号的脚本。 请注意，这些操作需要使用Slurm访问HPC群集，并且许多运行（尤其是在大型数据集上使用selbal的运行）最多需要一周的时间才能运行。 如果完全并行执行，则整个代码将在约1周内运行。 必须分别下载源数据（根据in/readme.txt ），并且必须事先设置conda环境（使用conda env create -f environment.yml ）。 如有任何疑问，请随时联系
【文件预览】：
codacore-main
----environment.yml(10KB)
----in()
--------readme.txt(391B)
----code()
--------jobR.sh(757B)
--------9-tablesLB.R(2KB)
--------6-plotHeatmaps.py(3KB)
--------3-tables.R(5KB)
--------codalasso.R(15KB)
--------loadData.R(3KB)
--------runAndSave.R(12KB)
--------1-submitJobs.sh(2KB)
--------0-installGH.R(87B)
--------codacore.R(20KB)
--------4-heatMapData.R(4KB)
--------5-plotRuntime.py(5KB)
--------7-prepDataLB.R(936B)
--------8-submitJobsLB.sh(1KB)
--------deepcoda.R(5KB)
--------2-aggregate.R(709B)
----out()
--------placeholder(0B)
----README.md(1KB)