文件名称：squid:SQUID从RNA-seq数据中检测融合基因和非融合基因的结构变异
文件大小：154KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-27 14:43:40
rna-seq structural-variation fusion-genes non-fusion-genes C++
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概述
SQUID旨在检测RNA-seq比对中融合基因和非融合基因的转录组结构变异。
SQUID论文发表在。 要重现将SQUID应用于模拟数据和先前研究的细胞系的结果，请遵循的说明
安装预编译的二进制
您无需在使用之前安装SQUID，请在找到二进制发行版！
从源头建造
仅当预构建的二进制文件（请参见上文）在您的系统上不起作用，或者您要更改SQUID代码时，才需要从源代码进行构建。
编译SQUID需要Boost，GLPK，BamTools。 和可以找到逐步安装的过程。
在Mac上，您需要另外运行以下命令来动态链接依赖库：
export DYLD_LIBRARY_PATH=
【文件预览】：
squid-master
----Makefile(586B)
----src()
--------Config.h(1KB)
--------ReadRec.h(2KB)
--------SingleBamRec.h(2KB)
--------SegmentGraph.h(5KB)
--------SegmentGraph.cpp(226KB)
--------BPEdge.h(2KB)
--------WriteIO.cpp(10KB)
--------main.cpp(3KB)
--------ReadRec.cpp(16KB)
--------BPNode.h(2KB)
--------Config.cpp(6KB)
--------WriteIO.h(1006B)
----LICENSE(2KB)
----doc()
--------Installation_linux.md(2KB)
--------SquidLogo.png(69KB)
--------Installation_mac.md(2KB)
----utils()
--------AnnotateSQUIDOutput.py(12KB)
--------GtfTrans.cpp(2KB)
--------GtfTrans.h(1KB)
--------SVTranscript.cpp(38KB)
--------SV.h(560B)
--------BP.h(960B)
--------TRA.cpp(4KB)
--------GenerateBED.cpp(3KB)
--------JunctionSequence.cpp(20KB)
--------TRA.h(2KB)
--------GtfInterval.h(991B)
--------GenerateNewGenome.cpp(13KB)
--------SimpleSV.cpp(2KB)
--------SV2newpos.cpp(3KB)
--------Reads2Remap.py(3KB)
--------SimpleSV.h(1KB)
--------RSVsim_path.cpp(14KB)
----README.md(8KB)
----example()
--------STARnSQUIDcommand.sh(1KB)
--------SQUIDcommand.sh(122B)
----.gitconfig(25B)