【文件属性】：
文件名称：tradeSeq:基于轨迹的SEQuencing数据差异表达分析
文件大小：1.34MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-04-07 16:14:41
R
R包：tradeSeq
SEQuencing数据的轨迹差分表达分析
tradeSeq提供了一种灵活的方法，可以使用适合回答许多关注问题的各种测试来发现沿一个或多个谱系差异表达的基因。
安装
要在Bioconductor中安装最新版本的tradeSeq ，请运行。
if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("tradeSeq")
要在R安装开发版本，请运行
devtools :: install_github( " statOmics/tradeSeq " )
安装只需几秒钟。 软件包的依赖关系在软件包的DESCRIPTION文件中列出。
变化
NEWS文件中报告了主要更改，如果您想了解最新动态，请确保将其签
【文件预览】：
tradeSeq-master
----man()
--------gamList.Rd(490B)
--------extract_monocle_info.Rd(885B)
--------diffEndTest.Rd(2KB)
--------evaluateK.Rd(5KB)
--------fitGAM.Rd(6KB)
--------predictSmooth.Rd(2KB)
--------getSmootherPvalues.Rd(701B)
--------getSmootherTestStats.Rd(710B)
--------clusterExpressionPatterns.Rd(3KB)
--------celltype.Rd(1KB)
--------crv.Rd(1KB)
--------plotSmoothers.Rd(3KB)
--------plotGeneCount.Rd(3KB)
--------earlyDETest.Rd(2KB)
--------countMatrix.Rd(1KB)
--------patternTest.Rd(2KB)
--------conditionTest.Rd(3KB)
--------startVsEndTest.Rd(2KB)
--------associationTest.Rd(3KB)
--------nknots.Rd(622B)
--------sds.Rd(473B)
--------plot_evalutateK_results.Rd(1KB)
--------predictCells.Rd(1KB)
----.gitignore(108B)
----README.md(2KB)
----.Rbuildignore(108B)
----.github()
--------workflows()
--------ISSUE_TEMPLATE()
----vignettes()
--------evalK_paul.png(85KB)
--------cheatsheet_highRes.jpeg(585KB)
--------multipleConditions.Rmd(624B)
--------tradeSeq.bib(5KB)
--------fitGAM.Rmd(15KB)
--------tradeSeq.Rmd(17KB)
--------Monocle.Rmd(7KB)
----tests()
--------testthat.R(126B)
--------testthat()
----_pkgdown.yml(2KB)
----LICENSE(72B)
----DESCRIPTION(2KB)
----inst()
--------CITATION(602B)
----R()
--------predictCells.R(2KB)
--------getSmootherPvalues.R(912B)
--------clusterExpressionPatterns.R(10KB)
--------patternTest.R(3KB)
--------evaluateK.R(18KB)
--------conditionTest.R(11KB)
--------extract_monocle_info.R(3KB)
--------startVsEndTest.R(10KB)
--------plotGeneCount.R(8KB)
--------getSmootherTestStats.R(927B)
--------earlyDETest.R(11KB)
--------fitGAM.R(30KB)
--------plotSmoothers.R(17KB)
--------nknots.R(844B)
--------data.R(3KB)
--------associationTest.R(32KB)
--------predictSmooth.R(9KB)
--------AllGenerics.R(4KB)
--------utils.R(15KB)
--------diffEndTest.R(8KB)
----codecov.yml(173B)
----NEWS(2KB)
----data()
--------countMatrix.rda(328KB)
--------crv.rda(180KB)
--------sds.rda(14KB)
--------gamList.rda(133KB)
--------celltype.rda(1KB)
----NAMESPACE(2KB)