文件名称：de_novo_miRNA：在新的microRNA进化过程中运行或死亡
文件大小：76KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-03 14:41:01
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在新的microRNA进化中运行或死亡 这是数据分析的存储库 。 抽象 红色女王假说将进化描述为不断努力适应。 根据该假设，除非新的基因适应不断变化的环境而不断进化，否则将消除新基因，尤其是那些源自非基因序列的基因（即从头基因）。 在这里，我们分析了两个果蝇新的miRNA，它们以睾丸特异的方式表达，其DNA序列的进化速率很高。 我们敲除了两个同胞物种中的这些miRNA，并研究了它们对不同适应组成的贡献。 我们观察到miR-975在D. simulans中的适应性贡献似乎是正的，与其在D. melanogaster中的中性贡献相反，而随着敲除突变体的适应性的提高，miR-983在这两个物种中都具有负贡献。 正如Red Queen假说所预测的那样，这些从头miRNA的适应性差异表明它们的命运不同。 重新运行分析 分析管道使用管理。 要运行分析，请首先修改config.yml以设置工作目录。
【文件预览】：
de_novo_miRNA-master
----scripts()
--------phenotype()
--------download()
--------targetscan_70()
--------miRDeep2()
--------RNAseq()
--------metadata()
----Adapter.fa(230B)
----config.yaml(584B)
----environment.yml(816B)
----README.md(1KB)
----Snakefile(2KB)
----data()
--------phenotype()
--------miR_sequence()
----.gitignore(176B)
----metadata()
--------annotation()
--------RNAseq()
--------small_RNAseq()
----rules()
--------targetscan.smk(999B)
--------miRDeep2.smk(5KB)
--------RNAseq.smk(5KB)
--------phenotype.smk(252B)
--------download.smk(4KB)