文件名称：SNPhylo:根据巨大的SNP数据生成系统树的管道
文件大小：23.2MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-26 01:02:22
Shell
SNPhylo 介绍 系统发育树是推断各种生物之间进化关系的良好工具，因此该树已在许多进化研究中使用。 因此，在重新测序项目中已经确定了基于SNP数据的系统树。 但是，没有简单的方法来确定具有大量从重测序数据中确定的变异体的系统发育树。 因此，我们开发了新的管道SNPhylo，以根据SNP数据构建系统发育树。 使用此管道，用户可以从包含大量SNP数据的文件中构建系统发育树。 特征 基于全基因组SNP的树木构建。 常规的树构建是基于大量具有某些特性的基因，例如单拷贝基因，核糖体RNA基因，内部转录间隔区序列（ITS）。 SNPhylo用全基因组信息构建树，因此更准确 通过连锁不平衡（LD）减少SNP冗余。 同一LD块中的SNP提供冗余的谱系信息。 SNPhylo在LD块中仅保留一个信息量丰富的SNP。 它极大地减少了运行时间，而不会丢失信息丰富的站点。 树的构建过程是高度自动化的。 SNP
【文件预览】：
SNPhylo-master
----setup.data(182B)
----snphylo.sh(14KB)
----samples()
--------soybean.partial.hapmap.bz2(23.33MB)
----snphylo.cfg(0B)
----COPYING(18KB)
----scripts()
--------remove_no_genotype_data.py(1KB)
--------generate_snp_sequence.R(12KB)
--------convert_fasta_to_phylip.py(1KB)
--------draw_unrooted_tree.R(866B)
--------remove_low_depth_genotype_data.py(4KB)
--------convert_simple_to_hapmap.py(2KB)
--------determine_bs_tree.R(2KB)
----README.rst(1KB)
----setup.sh(5KB)
----docs()
--------install_on_osx.rst(3KB)
--------install_on_linux.rst(6KB)