文件名称：基于Jensen-Shannon差异的可变剪接分析 (2012年)
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更新时间：2024-06-05 03:46:01
自然科学 论文
针对传统方法仅能分析基因的单一可变剪接模式的问题,设计了一种基于Jensen- Shannon (JS )差异的生物信息学方法ASAT ,用以分析基因在转录本水平的多可变剪接模式.将ASAT应用于小鼠转录因子Klf1敲除实验的RNA- Seq数据,预测出12个发生了可变剪接变化的基因,并在转录本水平对这些基因的可变剪接模式进行了分析.通过基因功能富集分析,发现其中有两个基因Timp1、Gm13654与Klf1能够显著富集在红血球发育、分化及动态平衡的生物过程.结果表明,ASAT可预测到与生物功能相关的可变