EBT：进化生物信息学工具包（EBT）

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文件名称：EBT：进化生物信息学工具包（EBT）
文件大小：77KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-02-26 15:32:35
perl vcf fasta gtf sequence 进化生物信息学工具包 大量的脚本为序列数据的进化分析提供了计算帮助。 内容 。 您要在基础核苷酸序列上进行氨基酸比对。 。 您有两组或更多组序列，它们彼此对齐但位于单独的FASTA文件中，并希望识别这些组表现出差异的位点。 您希望将对齐的核苷酸FASTA文件中每个变量位置的每个核苷酸的数量（和比例）制成表格。 。 您要计算两个核苷酸序列之间的p距离。 。 您想对所有k-mers进行比对，以获得一个比对的序列及其基因。 。 您要确定对齐的核苷酸FASTA文件的共有序列和/或IUPAC序列。 。 您想从带注释的VCF文件（例如，使用选项进行注释的文件）中提取密码子变体，以

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EBT-master
----extract_fasta_by_sites.pl(10KB)
----get_unique_values.pl(3KB)
----gb2gtf.pl(24KB)
----gff2gtf.pl(4KB)
----vcf2revcom.pl(47KB)
----LinkGe_all_site_pairs.pl(21KB)
----generate_seqs_from_VCF.py(9KB)
----align_codon2aa.pl(6KB)
----store_fasta_by_ID.pl(6KB)
----split_fasta.pl(2KB)
----LICENSE(34KB)
----remove_seqs_with_stops.pl(4KB)
----get_random_integers.pl(2KB)
----aligned_fasta2site_nt_freqs.pl(15KB)
----determine_consensus_IUPAC_seqs.pl(8KB)
----haplotypes_provided_sites.pl(12KB)
----extract_codon_from_ANN_VCFs.pl(3KB)
----aligned_fasta_group_diffs.pl(21KB)
----reverse_complement.pl(464B)
----README.md(21KB)
----count_k-mers.pl(16KB)
----calculate_p_distance.pl(5KB)