文件名称：covid-quantification:量化COVD-19感染RNA-Seq样品的管道
文件大小：1.6MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-26 22:44:01
Python
人类基因和SARS-CoV-2转录本的RNA-Seq定量管线，使用的是烟管和蛇形 这条管线使用鲑鱼量化RNA测序样品和编译探索性分析的转录物的TPM与这个工作流程中，所述的最终输出文件results_TPM.tsv ，可以直接导入在MetaOmGraph与元数据文件一起。 建立conda环境 请安装conda 运行conda env create -f env.yaml 激活环境： conda activate pyrpipe_covid 准备参考数据 要下载使用的参考数据，请运行以下命令 bash prepare_data.sh 或者，编辑config.yaml以更改参考文件 bash prepare_data.sh还将使用整个基因组序列作为诱饵来创建鲑鱼索引。 用户可以在bash prepare_data.sh文件中进行编辑。 参数 所有工具参数均在params目录中指定。 要修
【文件预览】：
covid-quantification-main
----env.yaml(8KB)
----runids.txt(348B)
----config.yaml(76B)
----prepare_data.sh(2KB)
----SRRids.txt(36B)
----pyrpipe_conf.yaml(37B)
----Snakefile(2KB)
----Ens_gene_metadata.txt(6.92MB)
----LICENSE(1KB)
----params()
--------salmon_index.yaml(26B)
--------star_index.yaml(61B)
----cluster.json(70B)
----metadata.tsv(10KB)
----.gitignore(2KB)
----README.md(2KB)
----extract_sc2_genemd.py(787B)