CoGA:R包用于差异共表达分析-开源

时间:2024-06-20 06:42:27
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文件名称:CoGA:R包用于差异共表达分析-开源

文件大小:1.08MB

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更新时间:2024-06-20 06:42:27

开源软件

CoGA(共表达图分析器)是一个 R 包,用于识别两种表型之间差异共表达的基因集。 该软件从基因表达数据推断基因调控网络,并根据它们的频谱分布比较推断网络的结构特性。 它还在基因中心性、聚类系数和最短路径长度方面比较了网络。 除了差异共表达分析之外,该工具还提供用于网络可视化、根据基因在网络中的“重要性”进行排序以及标准单基因差异表达分析的图形界面。


【文件预览】:
coga
----Meta()
--------Rd.rds(1KB)
--------nsInfo.rds(568B)
--------package.rds(893B)
--------links.rds(651B)
--------hsearch.rds(1KB)
----datatables()
--------examples.R(436B)
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--------images()
--------js()
--------config.yml(417B)
--------License-bsd3point.md(7KB)
--------css()
--------test.html(1KB)
--------License-gpl2.md(23KB)
----NAMESPACE(1KB)
----progress()
--------progress.js(2KB)
--------progress.css(359B)
----DESCRIPTION(700B)
----shiny()
--------executionParameters.R(4KB)
--------networkTests.txt(2KB)
--------dependenceMeasures.txt(158B)
--------www()
--------server.R(4KB)
--------about.html(697B)
--------help()
--------global.R(578B)
--------geneScores.txt(352B)
--------geneExpression.R(14KB)
--------progress.R(8KB)
--------toJSON.R(4KB)
--------ui.R(15KB)
--------showOutput.R(2KB)
--------results.R(20KB)
--------Datatables.R(1KB)
--------networkScores.txt(602B)
--------furtherAnalysis.R(11KB)
--------networkVisualization.R(19KB)
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--------utils.R(7KB)
--------collapsingMethods.txt(3KB)
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--------geneScores.R(4KB)
----R()
--------coga.rdx(1KB)
--------coga(1KB)
--------coga.rdb(26KB)
----html()
--------R.css(1KB)
--------00Index.html(6KB)
----help()
--------paths.rds(507B)
--------coga.rdx(1KB)
--------coga.rdb(47KB)
--------aliases.rds(418B)
--------AnIndex(1KB)
----INDEX(3KB)
----CITATION(434B)
----rChart.html(604B)
----rChart2.html(2KB)

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