OpenMD:公开的分子动力学

时间:2024-04-16 17:26:18
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文件名称:OpenMD:公开的分子动力学

文件大小:16.6MB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-04-16 17:26:18

C++

什么是OpenMD? OpenMD是一种开源分子动力学引擎,它能够使用具有方向*度的原子类型(例如“粘性”原子,点偶极子和粗粒组装体)有效地模拟液体,蛋白质,纳米粒子,界面和其他复杂系统。 。 蛋白质,沸石,脂质,过渡金属(本体,平面界面和纳米颗粒)都已使用代码中包含的力场进行了模拟。 OpenMD使用消息传递接口(MPI)在并行计算机上工作,并附带许多易于使用和修改的分析和实用程序。 使用非常简单易学的元数据语言来指定OpenMD仿真。 入门 使用单个分子动力学(.omd)文件在OpenMD中开始模拟。 这些文件必须以标记开头,并且必须包含两个部分: 基于C的部分,以及 块,用于获取初始坐标和速度信息。 这些文件的结构的详细说明可在doc目录中找到。 样品模拟是在可用samples目录。 要求 一个好的C ++ 11兼容编译


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