文件名称：CoverageAnalyzer:深度测序数据中通过RT签名进行RNA修饰检测-开源
文件大小：81.16MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-20 13:04:37
开源软件
逆转录（RT）和深度测序的组合已成为检测RNA修饰的有力工具，该领域由于其在基因调控中的重要性而最近活跃了起来。 最近的研究产生了依赖于序列依赖性错配模式和RT阻滞两者的高分辨率RT签名。 常见的路线查看器缺少专门的功能，例如过滤，量身定制的可视化，差异分析和导出。 因此，社区将从无缝连接RT签名的详细外观检查和自动筛选修改候选者的平台中受益。 CoverageAnalyzer是为响应对在所有3个OS上运行的功能强大的检查工具的需求而开发的。 借助SAM标准作为输入和直观的GUI，即使是非专家也可以完成各种任务，从RNA Seq数据的可视化到具有基于重要性的候选调用的复杂修饰分析。
【文件预览】：
CoverageAnalyzerMacOSX64bitSetup
----CoverageAnalyzer.jar(3.12MB)
----testdata()
--------.DS_Store(6KB)
--------1()
--------s_cer_tRNA_modomics.fasta(7KB)
--------2()
--------3()
----toc.jpg(2KB)
----stp1b.sh(233B)
----stp2.sh(496B)
----coverageanalyzer()
--------SAMtools.py(3KB)
--------RefSeg.java(447B)
--------swing-layout-1.0.4.jar(115KB)
--------sort.py(1KB)
--------prefuse-beta-20071021.jar(565KB)
--------commons-exec-1.2.jar(53KB)
--------images()
--------ThreadedStreamHandler.java(4KB)
--------GUI.form(258KB)
--------itextpdf-5.4.2.jar(1.84MB)
--------SamWorker.java(39KB)
--------MyTableModel.java(1KB)
--------SystemCommandExecutor.java(5KB)
--------FactorialLog.java(807B)
--------GUI.java(486KB)
--------ExportEventsInCurrentView.py(14KB)
--------coverageanalyzer.java(55KB)
--------FisherPValue.java(1KB)
--------PlotSelectedRefSegVisualization.py(44KB)
----gpl.txt(31KB)
----coverageanalyzerlastpathvisited.txt(69B)
----toc.icns(5KB)
----Setup.command(529B)
----stp1a.sh(175B)
----lib()
--------swing-layout-1.0.4.jar(115KB)
--------prefuse-beta-20071021.jar(565KB)
--------commons-exec-1.2.jar(53KB)
--------itextpdf-5.4.2.jar(1.84MB)
----Coverage_Analyzer_-_Manual.pdf(13.3MB)
----unixdependencies()
----Miniconda-latest-MacOSX-x86_64.sh(18.45MB)
----CoverageAnalyzer.command(69B)