文件名称：pepFunk:以肽为中心的功能富集工具
文件大小：15.63MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-17 23:16:10
bioinformatics shiny rstudio metaproteomics microbiome-analysis
pepFunk 肠道微生物组蛋白质组学数据的以肽为中心的功能性工作流程 这是的源代码。 请参阅我们或我们的以获取有关所用方法的信息。 如果您使用pepFunk，请引用： Simopoulos，CMA，Ning，Z，Zhang，X，Li，L，Walker，K，Lavallée-Adam，M，Figeys，D. ， 我们现在有一个维基！ 请访问我们的，了解如何创建自己的肽注释数据库。 如何运行应用程序 运行该应用程序的最简单方法是使用 。 安装所需的R程序包后，在RStudio中打开app.R ，然后选择RStudio窗口右上角的“运行应用程序”。 该应用程序将在一个窗口中打开，该窗口可让您在本地运行Shiny应用程序。 还提供了源代码，供研究人员根据他们的需求自定义工作流程。 但是，该应用程序本身包括许多分析和绘图自定义选项，包括以下功能： 用户可以上传自己的多肽-KEGG数据
【文件预览】：
pepFunk-main
----www()
--------logo_imetalab.png(10KB)
--------ajaxloaderq.gif(3KB)
--------busyIndicator.css(39KB)
--------gallery()
--------custom.css(1KB)
--------logo_M.png(5KB)
--------kegg_L3.txt(4.95MB)
--------favicon.ico(1KB)
----ui_dashboard.R(8KB)
----app.R(6KB)
----data()
--------peptides.txt(11.83MB)
--------core_pep_kegg_db.csv(5.69MB)
--------peptides_custom.csv(1.4MB)
----peptide_centric_functions.R(3KB)
----ui_analyze.R(7KB)
----peptide_centric_module.R(0B)
----metareport-markdown()
--------peptides.txt(11.83MB)
--------pepFunk-metareport.html(2.29MB)
--------database()
--------pepFunk-metareport.Rmd(15KB)
--------metadata.csv(188B)
----.gitignore(86B)
----server_analyze.R(28KB)
----README.md(6KB)
----LICENSE.txt(34KB)