jax-md:可微分,硬件加速,分子动力学

时间:2024-06-01 19:20:52
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文件名称:jax-md:可微分,硬件加速,分子动力学

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更新时间:2024-06-01 19:20:52

JupyterNotebook

医学博士 加速,微分,分子动力学 | | 分子动力学是现代计算凝聚态物理的重要力量。 它经常用于模拟材料,以观察小规模的相互作用如何引起复杂的大规模现象学。 大多数分子动力学软件包(例如HOOMD Blue或LAMMPS)都是复杂的,专用的代码段,其长度为数千行。 它们通常涉及大量的代码重复,以允许在CPU和GPU上运行仿真。 另外,大量的代码通常致力于获取数量的导数以计算感兴趣的函数(例如,能量梯度以计算力)。 但是,机器学习方面的最新工作导致了重要的软件开发,这可能使编写更简洁的分子动力学模拟成为可能,从而提供了一系列好处。 在这里,我们以JAX为目标,它允许我们编写被编译为XLA并允许我们在CPU,GPU或TPU上运行的python代码。 而且,JAX允许我们采用python代码的派生形式。 因此,这种分子动力学模拟不仅可以自动硬件加速,而且是端到端可区分的。 这应该可以进行一些


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jax-md-master
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--------talk_demo.ipynb(29KB)
--------minimization.ipynb(439KB)
--------meta_optimization.ipynb(524KB)
--------lj_benchmark.ipynb(60KB)
--------flocking.ipynb(314KB)
--------nve_neighbor_list.ipynb(185KB)
--------neural_networks.ipynb(168KB)
--------nve_simulation.ipynb(481KB)
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--------jax_md_cookbook.ipynb(1.2MB)
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----__init__.py(575B)
----examples()
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--------minimize.py(2KB)
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----docs()
--------jax_md.space.rst(616B)
--------jax_md.partition.rst(118B)
--------jax_md.nn.rst(116B)
--------jax_md.simulate.rst(873B)
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--------conf.py(6KB)
--------requirements.txt(84B)
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--------index.rst(596B)
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--------jax_md.smap.rst(115B)
----jax_md()
--------partition.py(24KB)
--------util.py(2KB)
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--------space.py(15KB)
--------test_util.py(2KB)
--------colab_tools()
--------smap.py(26KB)
--------interpolate.py(3KB)
--------__init__.py(955B)
--------dataclasses.py(2KB)
--------nn.py(27KB)
--------energy.py(44KB)
--------quantity.py(13KB)
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----tests()
--------space_test.py(20KB)
--------partition_test.py(9KB)
--------quantity_test.py(9KB)
--------energy_test.py(26KB)
--------minimize_test.py(4KB)
--------data()
--------nn_test.py(12KB)
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--------smap_test.py(30KB)
----.readthedocs.yml(504B)
----.gitignore(130B)
----pytype.cfg(2KB)

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