文件名称：minimax_CNV：使用Minimax方法进行罕见的CNV关联分析（正在进行中）
文件大小：536KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-14 23:00:49
R
Minimax方法用于稀有拷贝数变异的基因集富集分析 这是使用MORST方法执行稀有拷贝数变异分析的基因集富集分析的代码库。 要设置环境，可以使用setup_conda_env.sh ，它可以在任何Linux系统和Window的WSL中运行。 数据模拟 使用来自的GItest_demo.r运行用于基因集富集分析的模拟数据。 此数据集的CCRET结果是CCRET p-value of GI effect adjusting for length and dosage = 0 6.109567e-09 。 数据位于data/文件夹中： mycnv2_ds.txt包含基因剂量矩阵（具有条目0、1、2、3、4）。 mycnv2_gi.txt包含基因重叠矩阵（0,1,2） mycnv2_ln.txt包含事件长度矩阵。 mycnv2_yy.txt包含表型（二进制0,1）。 在与MO
【文件预览】：
minimax_CNV-master
----Rplots.pdf(4KB)
----Association_tests.R(12KB)
----README.md(1KB)
----MORST_CNV.R(2KB)
----Saddle.cpp(19KB)
----data()
--------mycnv2_ds.txt(4.93MB)
--------mycnv1_ds.txt(5.05MB)
--------mycnv1.fam(30KB)
--------._mygeneset.bed(177B)
--------mycnv2.fam(30KB)
--------mycnv1.cnv(203KB)
--------mycnv2.cnv.indxed.bed(122KB)
--------._mycnv1.cnv(177B)
--------mycnv2.cnv.indxed.txt(216KB)
--------mycnv1_gi.txt(2.56MB)
--------mycnv2_ln.txt(4.95MB)
--------mycnv2_yy.txt(15KB)
--------mygeneset.bed(26KB)
--------mycnv2.cnv.indxed.merged.n.bed(29KB)
--------._mycnv2.fam(177B)
--------mycnv1_yy.txt(15KB)
--------mycnv2.cnv.indxed.merged.nms.bed(49KB)
--------mycnv1_ln.txt(5.07MB)
--------mycnv2.cnv(193KB)
--------._mycnv2.cnv(177B)
--------._mycnv1.fam(177B)
--------mycnv2_gi.txt(2.56MB)
--------mycnv2.cnv.indxed.mygeneset.bed(15KB)
----simulations.r(8KB)
----setup_conda_env.sh(321B)
----CCRET()
--------DStest_demo.r(3KB)
--------fun.plink2ccret.r(5KB)
--------corefun.r(5KB)
--------._fun.plink2ccret.r(177B)
--------hsreg.conversion.r(3KB)
--------hsreg.fun.r(34KB)
--------GItest_demo.r(3KB)