文件名称：ViralFusionSeq [VFS]:准确发现病毒整合事件和融合转录本-开源
文件大小：68.01MB
文件格式：GZ
更新时间：2024-05-20 13:31:28
开源软件
VFS已在Ubuntu / Debian系统下经过全面测试。 ** 1号公告**：VFS优于Virus-Clip。 https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download截至2016年，VFS是NIH HPC系统上唯一可用的病毒集成工具。 https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/ ViralFusionSeq（VFS）是一种通用的高通量测序（HTS）工具，用于发现病毒整合事件并以单碱基分辨率重建融合转录本。 VFS结合了软片段信息，读取对分析和有针对性的从头组装功能，可以发现和注释病毒-人融合事件。 一个简单而有效的经验统计模型用于评估融合断点的质量。 需要最少的用户定义参数。 可以在sourceforge的“文件”部分获得带有用户手册和VFS安装指南的源代码。 引用：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
【文件预览】：
vfs-2016-08-17.r2
----COPYING(34KB)
----simulation()
--------prep.CSm.RPm.output.for.evaluation.pl(13KB)
--------evaluate-viralfusion.pl(12KB)
--------simulate-viralfusion.pl(24KB)
--------sample-reads.pl(8KB)
----1.VFS.sys.check.pl(6KB)
----CL7R_1_VFS.dynamic.min35.fq.gz(61KB)
----expected.result.on.example.dataset()
--------vfs_dev.HKCI5a_gz.CSm.out(6KB)
--------vfs_dev.HKCI5a_gz.RPm.out(16KB)
--------vfs_dev.HKCI5a_gz.targeted.assembly.sensitive.contigs(603B)
----CL7R_1_VFS.fq(197KB)
----references()
--------human()
--------viral()
----VFS.crash.course.pdf(76KB)
----annotation()
--------hg19.gene.info.in.f(5.33MB)
--------hg19.refseq.exon.bed(25.27MB)
--------nt()
--------hg19.repeatmasker.anno(233.4MB)
----CL7R_2_VFS.dynamic.min35.fq.gz(62KB)
----include()
--------Essential.pm(43KB)
--------General.pm(10KB)
--------RPmethod.pm(18KB)
--------BWAauto.pm(7KB)
--------ReadPreprocess.pm(9KB)
----VFS.manual.pdf(273KB)
----misc()
--------prep.fastq.2.Illumina.1.8.gz.pl(6KB)
----vfs.conf(3KB)
----CL7R_2_VFS.fq(195KB)
----CL7R_2_VFS.fq.gz(62KB)
----CL7R_1_VFS.fq.gz(61KB)
----Thumbs.db(10KB)
----viral.fusion.pl(29KB)
----VERSION(14B)
----2.run.example.dataset.pl(2KB)