文件名称：HIFI:Hi-C交互频率推断（HIFI）
文件大小：5.25MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-10 14:20:22
C++
高保真音响 从Hi-C数据高分辨率估计DNA-DNA相互作用频率的工具 概述 HIFI是一组工具，可以根据Hi-C数据以限制性片段（RF）分辨率推断真正的染色体内相互作用频率。 它使用自适应核密度估计和马尔可夫随机场方法从稀疏读取计数矩阵中提供对交互频率矩阵的准确估计。 输入：与来自给定染色体（或其一部分）的Hi-C数据相对应的BAM文件。 步骤1：使用BAMtoSparseMatrix.py程序生成RF分辨率读取计数矩阵。 步骤2：使用HIFI程序产生RF分辨率的真实IF估计。 步骤3 ：（可选）使用parseHIFIoutput.py和plotHIFIoutput.py程序可视化推断出的真实IF矩阵。 步骤4 ：（可选）使用SparseToFixed.py程序将RF分辨率矩阵转换为规范的固定合并矩阵。 步骤5 ：（可选）使用callPeaks程序进行调用循环。 软件需求 具
【文件预览】：
HIFI-master
----Makefile(176B)
----src()
--------HIFI_MyMatrix.h(3KB)
--------plotHIFIoutput.py(8KB)
--------HIFI_misc.h(251B)
--------parseHIFIoutput.py(4KB)
--------SparseToFixed.py(9KB)
--------BAMtoSparseMatrix.py(10KB)
--------HIFI(52KB)
--------callPeaks.cpp(12KB)
--------HIFI_options.h(1KB)
--------HIFI.cpp(28KB)
--------HIFI_options.cpp(8KB)
----examples()
--------hg19.HindIII_fragments.bed(19.14MB)
----README.md(10KB)