文件名称：repaper:使用snakemakelib复制纸张结果
文件大小：318KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-30 17:22:46
Python
关于 该存储库包含Snakefiles和配置文件，主要用于半自动复制感兴趣的研究论文的结果，这些数据可在。 我主要使用它来测试新的工作流程，以确保它们能够完成我期望的工作。 要求 > = 3.4 > = 0.1a11 生物信息学软件，例如GATK，picard，bowtie， 有关配置说明，请参见 参考数据，最好根据的约定进行 确保有足够的磁盘空间。 同样，一旦安装了SRA工具包，请仔细检查SRA数据的默认下载位置（通过vdb-config -i ）； 通常将其设置为〜/ ncbi。 或者从该位置到具有大量空间的磁盘建立符号链接，或者设置并导出指向spacy磁盘位置的环境变量NCBI_HOME，以使其对snakemakelib可见。 设置 子目录在研究后使用约定“ author_year”命名。 如果您已经按照cloudbiolinux的约定安装了参考数据，那么您应该能够开箱即用地运
【文件预览】：
repaper-master
----Buenrostro_2013()
--------Snakefile(1KB)
--------atacseq_all_rulegraph.png(193KB)
--------README.md(1KB)
--------sbatch.sh(147B)
--------smlconf.yaml(1KB)
----LICENSE(1KB)
----README.md(4KB)
----smlconf.yaml(1KB)
----Snakefile.example(1KB)
----Treutlein_2014()
--------Snakefile(1KB)
--------scrnaseq_all_rulegraph.png(132KB)
--------README.md(2KB)
--------sbatch.sh(132B)
--------smlconf.yaml(1KB)