文件名称：将 SimBiology(R) 模型转换为 COBRA Toolbox 模型：使用 SimBiology 进行动态建模，使用 COBRA Toolbox 算法进行基于约束的建模。-matlab开发
文件大小：4KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-20 21:12:48
matlab
此函数将 SimBiology 模型对象转换为 COBRA Toolbox 模型结构。 它使您能够通过在两种方法之间来回切换，将 SimBiology 中的动态建模与基于约束的建模（例如 FBA、OptKnock、OptGene 等）结合起来。 例如，假设有一个动力学全基因组模型，您可以将它与生物React器模型相结合来研究系统动力学。 您可以使用此函数将模型转换为与 COBRA 兼容的结构，并找到最佳敲除以最大化某些React。 使用结果使动力学模型中的相应React失活，并探索此类敲除的动态影响。 关于使用此功能的一些注意事项： (i) 它假定模型最初来自符合 COBRA 的 SBML 文件，这意味着通量上下界、通量值和客观系数存储为具有特定名称的React范围参数（例如，LOWER_BOUND 表示较低通量绑定），并且基因React图使用特定格式存储在React笔记中。 显然，这
【文件预览】：
sbioexportCobra.zip