文件名称：minia:Minia是基于de Bruijn图的短读汇编器
文件大小：1.01MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-27 09:48:52
C++
米妮亚 在继续之前。 如果您要进行高质量的基因组或元基因组装配，请转到此处： : 这是基于Minia构建的管道，该管道与metaSpades和MEGAHIT（多k组件）。 介绍 Minia是基于de Bruijn图的短读汇编器，能够在一天之内在台式计算机上组装人类基因组。 Minia的输出是一组重叠群。 早在发布时，Minia产生的结果与其他de Bruijn汇编程序（例如Velvet）具有相似的连续性和准确性。 现在（2015年以后），基因组组装者已经进化，为了具有高度连续性，请参见上一节。 获取最新的源代码 指示 建议在此处使用下载最新的二进制发行版（Linux或OSX）： : 否则，Minia可能会从以下来源进行编译： # get a local copy of minia source code git clone --recursive https://github.
【文件预览】：
minia-master
----.gitmodules(109B)
----merci()
--------merci.cpp(24KB)
--------test-simple()
--------run-test-simple.sh(241B)
--------run-test-loop.sh(108B)
--------test-loop()
----test()
--------bubble.solution.fa(668B)
--------simple_test.sh(1KB)
--------bubble_covmult0.5.fa(1KB)
--------read50x_ref10K_e001.fa(843KB)
--------1seq_90bp_circ.fa(238B)
--------tip.solution.fa(672B)
--------tip.fa(765B)
--------X.solution.fa(139B)
--------compare_fasta.py(1KB)
--------ERR039477.md5-gcc47(33B)
--------ERR039477.md5(137B)
--------bubble.fa(998B)
--------1seq_90bp.fa(97B)
--------buchnera_test.sh(284B)
--------1seq_90bp.reads.fq(2KB)
--------genome10K.fasta(10KB)
--------README(212B)
--------X.fa(139B)
--------10k_test.sh(539B)
--------1seq.fa(37B)
--------buchnera.fasta(636KB)
--------test_ERR039477.sh(3KB)
--------buchnera_simulate_reads.sh(181B)
--------ec.solution.fa(1KB)
--------1seq_90bp_simulate_reads.sh(201B)
--------ec.fa(6KB)
--------high_abundance.fa(36KB)
----LICENSE(34KB)
----src()
--------build_info.hpp.in(1KB)
--------Minia.cpp(15KB)
--------main.cpp(2KB)
--------Minia.hpp(2KB)
--------GraphSimplificationAttempts.cpp(22KB)
----INSTALL(517B)
----thirdparty()
--------contig2fastg()
--------gatb-core()
----doc()
--------paper.pdf(707KB)
--------manual.tex(9KB)
--------manual.pdf(155KB)
--------CMakeLists.txt(466B)
----.gitignore(7B)
----CMakeLists.txt(5KB)
----README.md(3KB)
----scripts()
--------jenkins()
--------max_mem_usage_from_log.py(263B)
--------debug_1seq_tip_removal.py(1KB)
--------strip_bcalm_links.py(263B)
--------convertToGFA.py(5KB)
--------ilots_stats.py(823B)
--------duplicate_sequences_according_abundance.py(299B)
--------filter_by_previous_contigs.cpp(5KB)