文件名称：rnaquast:从RNA-Seq数据进行从头转录组组装的质量评估
文件大小：5.34MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 23:07:35
Python
rnaQUAST 2.2.0手册 1. 2.2.1。 2.2。 2.3。 3.3.1。 3.2。 3.3。 4.4.1。 报告书4.2。 详细输出4.3。 情节5.引文6.反馈和错误报告 1关于rnaQUAST rnaQUAST是使用参考基因组和基因数据库评估RNA-Seq装配的工具。 此外，rnaQUAST还能够通过原始读取和使用第三方软件进行的从头质量评估来估计基因数据库的覆盖率。 rnaQUAST版本2.2.0在GPLv2下于2020年11月23日发布，可以从http://cab.spbu.ru/software/rnaquast/或https://github.com/ablab/rnaquast/releases下载。 对于急躁的人： 您将需要Python， gffutils ， matplotlib和joblib 。 另外，您还需要在计算机上安装GMAP （或BL
【文件预览】：
rnaquast-master
----GPLv2.txt(18KB)
----metrics()
--------TranscriptsMetrics.py(17KB)
--------GeneDatabaseMetrics.py(5KB)
--------ReadsCoverage.py(9KB)
--------SimpleTranscriptsMetrics.py(25KB)
--------AssemblyCorrectnessMetrics.py(2KB)
--------OneTranscriptCoverage.py(5KB)
--------IsoformsCoverage.py(22KB)
--------BasicTranscriptsMetrics.py(3KB)
--------__init__.py(20B)
--------TranscriptsCoverage.py(10KB)
--------FusionMisassembleMetrics.py(10KB)
--------AssemblyCompletenessMetrics.py(16KB)
--------InternalIsoformsCoverage.py(2KB)
----quast_libs()
--------qconfig.py(28KB)
--------reporting.py(31KB)
--------N50.py(2KB)
--------plotter_data.py(2KB)
--------plotter.py(34KB)
--------site_packages()
--------__init__.py(0B)
--------fastaparser.py(8KB)
--------qutils.py(39KB)
--------log.py(11KB)
----general()
--------UtilsTools.py(25KB)
--------UtilsAnnotations.py(12KB)
--------best_alignment_set.py(4KB)
--------markdown_to_github_html.py(2KB)
--------parallel_blat_run.py(7KB)
--------misfinder.py(22KB)
--------UtilsCoverage.py(12KB)
--------rqconfig.py(2KB)
--------__init__.py(20B)
--------UtilsGeneral.py(13KB)
--------log.py(14KB)
--------UtilsPipeline.py(28KB)
--------UtilsAlignment.py(44KB)
----rnaQUAST.py(16KB)
----objects()
--------GTFFileAnnotation.py(3KB)
--------SortedExonsAttributes.py(3KB)
--------AlignedTranscript.py(2KB)
--------Alignment.py(25KB)
--------__init__.py(20B)
----paste_reports_together.py(4KB)
----LICENSE(1KB)
----report()
--------UtilsPictures.py(14KB)
--------ShortReport.py(34KB)
--------ComparisonReport.py(2KB)
--------__init__.py(26B)
--------TXTMetricsReport.py(62KB)
--------SeparatedReport.py(6KB)
--------DistributionReport.py(38KB)
----VERSION(6B)
----requirements.txt(91B)
----changelog.html(702B)
----test_data()
--------idba.fasta(995KB)
--------Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.gtf(8.73MB)
--------spades.311.fasta(1.31MB)
--------Trinity.fasta(762KB)
--------Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.75.dna.toplevel.fa(11.79MB)
----fig1.png(26KB)
----make-targz.sh(1024B)
----README.md(25KB)
----manual.html(29KB)