【文件属性】：
文件名称：arbutus:评估数量性状进化的系统发育模型
文件大小：100KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-05 20:26:06
R
开发该程序包是为了评估连续性状模型的适当性。 该软件包包括以下功能：解析R中各种模型拟合函数的输出，根据拟合的参数重新缩放系统发育树，模拟数据集，计算汇总统计数据并绘制结果。 该方法在我们的论文中进行了描述：“模型的充分性和被子植物功能性状的宏观进化”，发表在《美国自然主义者》上（请参阅； ；和）。
安装
要从github安装该软件包，最简单的方法是使用进行安装。 安装devtools ，然后输入
devtools::install_github("mwpennell/arbutus")
该软件包取决于ape库
支持包
arbutus背后的想法是使用其他软件包将模型拟合为比较数据，并使用arbutus评估拟合模型的充分性。 在此软件包中，没有用于拟合模型或执行模型选择的本机功能。 当前，杨梅可以处理以下类别的对象：
来自fitContinuous gfit对象在（> = 2.0）
f
【文件预览】：
arbutus-master
----.travis.yml(513B)
----extra()
--------arbutus_logo.png(13KB)
----man()
--------pic_stat_shgt_plot.Rd(2KB)
--------arbutus_plot_point.Rd(3KB)
--------pic_stat_sasr.Rd(2KB)
--------pic_stat_shgt.Rd(2KB)
--------simulate_char_unit.Rd(1KB)
--------calculate_pic_stat.Rd(3KB)
--------pic_stat_sasr_plot.Rd(2KB)
--------print.arbutus.Rd(678B)
--------plot.arbutus.Rd(4KB)
--------pic_stat_dcdf_plot.Rd(2KB)
--------pvalue_arbutus.Rd(1KB)
--------is.unit.tree.Rd(576B)
--------pic_stat_svar_plot.Rd(2KB)
--------pic_stat_msig_plot.Rd(2KB)
--------check_pic_stat.Rd(787B)
--------arbutus_plot_dist.Rd(3KB)
--------make_unit_tree.Rd(5KB)
--------arbutus.Rd(10KB)
--------finch.Rd(488B)
--------pic_stat_msig.Rd(1KB)
--------make_model_phylo.Rd(2KB)
--------pic_stat_dcdf.Rd(2KB)
--------pic_stat_cvar_plot.Rd(2KB)
--------pic_stat_cvar.Rd(1KB)
--------default_pic_stat.Rd(1KB)
--------model_info.Rd(2KB)
--------compare_pic_stat.Rd(3KB)
--------pic_stat_svar.Rd(1KB)
--------mahalanobis_arbutus.Rd(3KB)
----data()
--------finch.rda(1KB)
----NAMESPACE(1KB)
----tests()
--------testthat()
--------testthat.R(58B)
----inst()
--------update-gh-pages.sh(725B)
----.Rbuildignore(60B)
----.gitignore(25B)
----R()
--------plotting-fxns.R(28KB)
--------compare.summStat.R(10KB)
--------internal-fitContinuous.R(2KB)
--------as.unit.tree.R(8KB)
--------wrapper-fxns.R(8KB)
--------internal.R(3KB)
--------tree-utilities.R(3KB)
--------internal-caper.R(3KB)
--------rescale-fitContinuous.R(8KB)
--------summary-stats.R(17KB)
--------internal-phylolm.R(1KB)
--------internal-gls-diversitree.R(1KB)
--------internal-gls.R(3KB)
--------sim.charUnit.R(4KB)
--------internal-diversitree.R(4KB)
--------arbutus-package.R(3KB)
----Makefile(734B)
----DESCRIPTION(684B)
----README.md(2KB)