【文件属性】：
文件名称：creepy-jerk:将连续性状进化建模为 Lévy 过程的系统发育方法
文件大小：80KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-07-08 02:36:08
C++
你好
有兴趣将系统发育的连续性状进化建模为 Lévy 过程吗？ 此 git 存储库包含我们在系统生物学中描述的方法的最新源代码，可在找到。 我们整理了本指南以回答迄今为止收到的问题。 欢迎向我们发送有关方法或模型的问题的电子邮件：mlandis (at) berkeley (dot) edu。
我们最好的，
迈克尔、乔希和梅森
更新
2013 年 7 月 2 日
方法现在生成与 TreeFig 兼容的 .jump_snr.txt 输出文件，以显示哪些分支具有强烈的跳跃信号（在论文中描述）。
SNR 现在通过分支长度的平方根反比来缩放，而不仅仅是分支长度。
改进了跳跃正常 (modelType=3) 性能。
安装
从命令行，导航到src文件夹。
在编译之前，请确认您已安装 GNU 科学库 (GSL)。 对于 Mac OS X，您可以使用安装 GSL
发现需要以下命令：g++
【文件预览】：
creepy-jerk-master
----src()
--------Mcmc.h(2KB)
--------Util.cpp(2KB)
--------ModelEvent.h(1KB)
--------Parm.h(1KB)
--------MbRandom.cpp(42KB)
--------Patron.h(2KB)
--------FileMgr.cpp(4KB)
--------Util.h(767B)
--------Model.h(4KB)
--------Parm_alpha.h(1KB)
--------FileMgr.h(1KB)
--------Parm_tree.h(8KB)
--------MbRandom.h(31KB)
--------BranchHistory.cpp(4KB)
--------Model.cpp(30KB)
--------cjutil.named.r(10KB)
--------Settings.cpp(8KB)
--------Mcmc.cpp(20KB)
--------Expression.cpp(6KB)
--------Parm_tree.cpp(28KB)
--------Parm_alpha.cpp(4KB)
--------main.cpp(1KB)
--------BranchHistory.h(2KB)
--------Table.cpp(4KB)
--------Parm_sigma.cpp(3KB)
--------Table.h(2KB)
--------Patron.cpp(6KB)
--------Parm_kappa.h(1KB)
--------ModelEvent.cpp(532B)
--------Parm.cpp(434B)
--------Parm_kappa.cpp(4KB)
--------cjutil.R(4KB)
--------Parm_sigma.h(1KB)
--------Settings.h(4KB)
--------Expression.h(2KB)
--------cjutil.py(3KB)
----examples()
--------primates.mass_ecv_ratio.data.txt(2KB)
--------primates.ecv.data.txt(2KB)
--------primates.ecv.sh(299B)
--------primates.mass.data.txt(2KB)
--------primates.tree.txt(5KB)
--------primates.mass.sh(300B)
--------primates.taxa.txt(2KB)
--------primates.mass_ecv_ratio.sh(310B)
----README.md(7KB)