文件名称：deep-molecular-massspec:使用深度学习的小分子质谱
文件大小：5.21MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-23 08:34:45
Python
用于有机分子的电子电离质谱的深度学习 该存储库随附 ，和ACS*科学2019 5（4），700-708 DOI：10.1021 / acscentsci.9b00085 介绍 我们使用应用于各种分子表示的深度学习技术预测分子的质谱图。 使用定制的库匹配任务评估性能行为。 在此任务中，我们通过将分子光谱与标记光谱库进行匹配来识别分子。 作为基线，该文库包含NIST主文库中的所有分子，其模仿了实验化学家当前使用的行为。 为了测试我们的预测，我们用模型中的光谱预测替换了库的某些部分。 下面将更详细地描述此任务。 所需包装： 建议在Python 3.6环境中使用来安装这些软件包。 此处所需的大多数软件包都可以使用conda install tensorflow = 1.13 rdkit matplotlib和pip install absl-py进行安装。 进行模型预测的快速入门指南 创建目
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deep-molecular-massspec-master
----.gitignore(43B)
----train_test_split_utils.py(8KB)
----feature_utils.py(10KB)
----util_test.py(6KB)
----library_matching_test.py(16KB)
----make_predictions_from_tfrecord.py(7KB)
----spectra_predictor_test.py(4KB)
----__init__.py(576B)
----CONTRIBUTING.md(1KB)
----LICENSE(11KB)
----parse_sdf_utils_test.py(28KB)
----feature_map_constants.py(1KB)
----mass_spec_constants.py(3KB)
----make_train_test_split_test.py(10KB)
----testdata()
--------test_14_record.gz(19KB)
--------test_14_mend.sdf(20KB)
--------test_dataset_config_file.json(327B)
--------test_14_mend_all_valid.sdf(18KB)
--------test_14.spectra_library.npy(94KB)
--------test_14_record.gz.info(3B)
--------test_14_record.inchikey.txt(28B)
--------test_2_mend.sdf(4KB)
--------README(437B)
----molecule_estimator.py(12KB)
----examples()
--------pentachlorobenzene.sdf(3KB)
----neims_toc.jpeg(112KB)
----README.md(3KB)
----molecule_estimator_test.py(8KB)
----molecule_predictors.py(19KB)
----spectra_predictor.py(8KB)
----util.py(8KB)
----test_utils.py(743B)
----gather_similarites.py(2KB)
----plot_spectra_utils.py(16KB)
----make_predictions.py(7KB)
----similarity.py(6KB)
----make_train_test_split.py(19KB)
----parse_sdf_utils.py(26KB)
----feature_utils_test.py(4KB)
----library_matching.py(23KB)
----dataset_setup_constants.py(9KB)
----make_spectra_prediction.py(2KB)
----Model_Retrain_Quickstart.md(1KB)
----training_splits()
--------train_set_smiles.txt(8.25MB)
--------train_set_inchikey.txt(6.33MB)
--------test_set_smiles.txt(299KB)
--------validation_set_smiles.txt(301KB)
--------test_set_inchikey.txt(317KB)
--------validation_set_inchikey.txt(317KB)