文件名称：WFA:波前对准算法（WFA）
文件大小：112KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-22 23:49:43
C
世界足协 1.引言 1.1什么是WFA？ 波前对齐（WFA）算法是一种精确的间隙仿射算法，它利用了序列之间的同源区域以加速比对过程。 与以二次时间运行的传统动态编程算法相反，WFA使用O（s ^ 2）存储器以时间O（ns）运行，该时间与读取长度n和对齐分数s成比例。 此外，WFA展示了简单的数据依赖关系，即使对于不同的体系结构，即使是现代编译器的自动功能，也可以轻松地对其进行矢量化，而无需修改代码。 该库实现了WFA和WFA-Adapt算法的仿射罚分。 它还提供了支持功能来显示和验证结果。 此外，它还实现了一个基准测试工具，该工具可以评估这两种算法的性能，以及其他高性能的对齐方法（checkout分支benchmark ）。 该库可以执行通过基准测试工具进行评估，也可以通过调用WFA函数将其集成到您的代码中。 如果您有兴趣通过WFA库中实现或集成的其他算法对WFA进行benchmar
【文件预览】：
WFA-master
----edit()
--------edit_dp.c(4KB)
--------Makefile(815B)
--------edit_dp.h(2KB)
--------edit_cigar.h(4KB)
--------edit_cigar.c(12KB)
--------edit_table.c(4KB)
--------edit_table.h(2KB)
----Makefile(1KB)
----gap_affine()
--------affine_table.h(2KB)
--------affine_wavefront_display.h(3KB)
--------affine_wavefront_reduction.c(2KB)
--------affine_wavefront_utils.h(3KB)
--------wavefront_stats.h(4KB)
--------Makefile(2KB)
--------affine_wavefront_extend.c(9KB)
--------affine_wavefront_extend.h(2KB)
--------affine_wavefront_backtrace.c(15KB)
--------affine_wavefront_penalties.h(3KB)
--------swg.c(7KB)
--------affine_wavefront.c(10KB)
--------affine_penalties.h(2KB)
--------affine_penalties.c(1KB)
--------swg.h(2KB)
--------affine_table.c(5KB)
--------affine_wavefront_align.h(2KB)
--------affine_wavefront_penalties.c(5KB)
--------affine_wavefront_backtrace.h(2KB)
--------affine_wavefront_display.c(9KB)
--------affine_wavefront.h(6KB)
--------affine_wavefront_reduction.h(2KB)
--------affine_wavefront_utils.c(4KB)
--------affine_wavefront_align.c(16KB)
--------wavefront_stats.c(4KB)
----LICENSE(1KB)
----tools()
--------generate_dataset.c(7KB)
--------Makefile(1007B)
--------examples()
--------align_benchmark.c(17KB)
----utils()
--------dna_text.h(2KB)
--------Makefile(823B)
--------string_padded.c(5KB)
--------vector.h(6KB)
--------vector.c(5KB)
--------commons.h(7KB)
--------dna_text.c(2KB)
--------string_padded.h(2KB)
--------commons.c(2KB)
----README.md(15KB)
----VERSION(5B)
----gap_lineal()
--------Makefile(758B)
--------nw.c(3KB)
--------nw.h(2KB)
--------lineal_penalties.h(2KB)
----system()
--------mm_allocator.c(17KB)
--------profiler_counter.h(5KB)
--------Makefile(819B)
--------mm_allocator.h(4KB)
--------profiler_timer.c(7KB)
--------profiler_counter.c(13KB)
--------profiler_timer.h(4KB)
----benchmark()
--------benchmark_utils.c(12KB)
--------Makefile(869B)
--------benchmark_gap_affine.c(4KB)
--------benchmark_gap_lineal.h(2KB)
--------benchmark_edit.c(3KB)
--------benchmark_utils.h(4KB)
--------benchmark_gap_lineal.c(2KB)
--------benchmark_edit.h(2KB)
--------benchmark_gap_affine.h(2KB)