文件名称：genome_assembly:Amanita 项目脚本
文件大小：14KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-27 09:38:36
Python
基因组组装 此存储库包含我的一些脚本，这些脚本是我在密歇根州立大学基因组学、进化和开发实验室的实验室轮换期间编写的 惊人的双孢鹅膏菌基因组计划 是世界上毒性最强的真菌之一，因为它的环肽能抑制 RNA 聚合酶 II。 这种聚合酶的抑制会影响蛋白质合成，这可能是致命的。 组装和注释的基因组将对研究这种真菌有很大帮助。 这个基因组的组装有几个问题。 这种真菌是双核的，所以每个细胞都有两个细胞核。 目前尚不清楚基因组内容如何在这些细胞核之间分布。 这种真菌不能在实验室培养。 所以所有的组织都是在自然界收集的，这意味着测序材料在某种程度上受到了污染。 像大多数真菌一样，我们必须处理重复和重叠的编码区域。 我必须处理的另一个大问题是我自己。 我是一名本科生，受过训练的分子生物学家，从未在信息学或生物信息学领域工作过。 我可以访问两个基因组组装（Illumina 数据、 和 ）和一个转录组组装
【文件预览】：
genome_assembly-master
----find_match_2.py(1KB)
----transcript_comparison.py(2KB)
----parse_NCBI.py(1KB)
----find_match_1.py(1KB)
----split_fasta.py(703B)
----parse_tab.py(839B)
----separate_strand_psl.py(828B)
----README.md(17KB)
----extract_annotation.py(608B)
----best_hit.py(1KB)
----extract.py(781B)
----assembly_stats.py(6KB)