文件名称：BlastToSam:将 BLASTN 查询结果转换为 SAM 格式的工具
文件大小：18KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-23 01:51:38
Java
爆破对战 用于将 BLASTN 查询结果转换为 SAM 格式的工具。 BLASTN 支持的输出格式目前仅限于默认 (-outfmt 0) 和 Xml (-outfmt 5)。 此工具符合 SAM 文件格式规范 v1.4 ( ) 并通过 picard 1.124 ValidateSamFile 验证。 Jar 下载 最新版本总是可以从下载 为什么要使用这个工具？ 到目前为止，samtools 包中只有一个小的 perl 脚本 (blast2sam.pl) 可以将 Blast 查询输出转换为 sam 格式，它甚至无法正常工作。 经过一番搜索，我发现了另一个 perl 脚本（ ），它完全重写了 samtools 中的脚本，并且运行良好。 BlastToSam 更进一步，实现了 sam 规范中指定的所有排序模式，并且可以通过命令行参数 -s 进行设置。 命令行示例 java -jar
【文件预览】：
BlastToSam-master
----.gitignore(251B)
----META-INF()
--------MANIFEST.MF(49B)
----src()
--------MatchAlignment.java(8KB)
--------BlastXmlReader.java(8KB)
--------BlastToSam.java(7KB)
--------Utils.java(3KB)
--------NameWithLength.java(2KB)
--------ArgsParser.java(5KB)
--------BlastReader.java(2KB)
--------BlastTextReader.java(7KB)
----.travis.yml(83B)
----LICENSE(1KB)
----README.md(3KB)
----build.xml(2KB)