文件名称：sam2psl:SAM格式转PSL格式
文件大小：1.36MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-07-07 03:17:15
C++
sam2psl 将 SAM 格式转换为 PSL 格式。 用法 make ./sam2psl -h ## print header, control-c to exit cat tmp.sam | ./sam2psl -h | grep -v ^# 笔记 该软件被编写为可移植的，旨在在管道中使用。 要编译，请g++ -O2 sam2psl.cpp 。 错误报告表示赞赏。 默认情况下，原始 SAM 对齐方式以“#”开头。 使用grep -v ^#摆脱它们。 使用| cut -f-21 | cut -f-21仅生成 PSL 输出。 该软件仅在 bwa 和 bowtie2 输出上进行了测试，对于其他矫正器可能会也可能不会很好地工作。 tStart，如果读取未对齐，则报告为 -1。 匹配，是来自 CIGAR 字符串的 M/I/D 块的总长度。 misMatc
【文件预览】：
sam2psl-master
----README.md(4KB)
----sam2psl.cpp(15KB)
----tmp.sam(9.91MB)
----tmp.pslx(271KB)
----Makefile(53B)