文件名称：parallel-rearrangements:并行重排调用方
文件大小：7.64MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-09 16:27:31
Python
PaReBrick（并行重排和断点识别工具包） 项目目标 细菌基因组在进化时间尺度上具有显着的可塑性，并且基因组重排（如倒置，缺失，插入和重复）独立地发生在不同菌株的基因组中，这可能是适应环境变化的机制。 这些事件的识别需要费力的手动检查和系统形态一致性的验证。 因此，该项目的主要目标是鉴定和描述细菌基因组中发生的平行重排。 更严格地讲，我们的目标是找到在系统发生树上不凸的字符，换句话说，就是具有同质性的字符。 同质是指在进化过程中已在单独的谱系中独立获得角色状态的情况。 您可以在下面看到凸字符和非凸字符的示例： 非凸字符（具有同质性的字符） 凸字（无杂音字符） 方法 该方法以某些菌株的同构块和系统发育树为输入，该方法包括两个主要部分： 用句法块构造字符及其状态（〜叶子的颜色）： 平衡的重排（集中在反演中）-多个断点图中的搜索模式； 不平衡的重排-视为副本数量变异。 检查系统