文件名称：Aneuploidy2017:非整倍性检测论文的补充文件
文件大小：6.28MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-28 10:42:56
HTML
非整倍体2017 内容 纸质补充文件 此repo包含论文补充报告的最新版本，该论文可从单细胞RNA-seq数据中检测到马赛克常染色体非整倍性。 该报告称为PaperSupplemental.html 有三种R脚本可用于生成此报告： PaperSupplemental.Rmd是用于创建图形和执行分析的代码。 aneu_functions.R是分析中使用的一组函数。 data_proc.R是一个脚本，可将原始数据转换为用于分析的处理集。 另一个shell脚本get_data.sh将把原始数据下载到该文件夹中。 您必须将包含此存储库的文件夹设置为工作目录才能下载数据。 单倍体R包装 scploid R软件包的文件可以在package文件夹中找到。 但是，最简单的方法是通过安装devtools软件包并使用以下命令从R安装软件包： library(devtools) devtool
【文件预览】：
Aneuploidy2017-master
----data_proc.R(22KB)
----package()
--------.gitignore(29B)
--------NAMESPACE(655B)
--------._scploid.Rproj(4KB)
--------._.Rbuildignore(4KB)
--------R()
--------.Rbuildignore(28B)
--------._NAMESPACE(4KB)
--------scploid.Rproj(312B)
--------man()
--------._R(4KB)
--------._DESCRIPTION(4KB)
--------._.gitignore(4KB)
--------DESCRIPTION(545B)
----cluster()
--------sub_rmd.sh(520B)
--------run_rmd.R(169B)
----aneu_functions.R(29KB)
----PaperSupplementary.Rmd(161KB)
----README.md(3KB)
----get_data.sh(692B)
----scploid_usage.Rmd(8KB)
----plots()
--------1b_8cell.pdf(65KB)
--------S1_mesc_score_comparison.pdf(32KB)
--------3a_deng_score_comparison.pdf(15KB)
--------3b_deng_call_ase.pdf(20KB)
--------1a_schematic.pdf(5KB)
--------alt_3b.pdf(17KB)
--------2b_dispersion.pdf(39KB)
--------S2_mesc_call_ase.pdf(20KB)
--------2c_sim_extralegendonly.pdf(4KB)
--------2d_sim_result.pdf(5KB)
--------2c_simulations.pdf(115KB)
----scploid_usage.html(771KB)
----infercnv.png(150KB)
----PaperSupplementary.html(8.13MB)
----.here(0B)