taxmaps:NGS数据的超高效分类学映射

时间:2024-05-23 08:10:32
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文件名称:taxmaps:NGS数据的超高效分类学映射

文件大小:297KB

文件格式:ZIP

更新时间:2024-05-23 08:10:32

Python

taxMaps taxMaps是一种超高效,可定制且完全可扩展的分类学分类工具,用于处理短时读取的数据,旨在处理大型DNA / RNA宏基因组学样本。 它的性能和全面性使其非常适合大规模测序操作中的无偏污染检测,包含大量样品的微生物组研究以及分析传递时间是关键因素的应用,例如从临床或环境样品中鉴定病原体。 版本:0.2 作者:Andre Corvelo taxMaps可免费用于学术和非商业研究目的( )。 特征 灵活的输入.bam , .fastq (压缩/未压缩,是否交错)或任何将.fastq流式.fastq到STDOUT自定义命令 彻底的预处理-质量修整,移除多个适配器,硬修整(5'和3'),低复杂度过滤器。 映射优先级排序-通过使用多个自定义索引(对引入和主机减法有用)。 Performance-taxMaps充分利用了的出色功能和性能。 当使用预压缩索引时,该最新的比


【文件预览】:
taxmaps-master
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--------txM_fq2gem(3KB)
--------txM_fqintlv(3KB)
--------txM_gitax(4KB)
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