facets:从肿瘤正常测序中实现分数和拷贝数估计的算法

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文件名称：facets:从肿瘤正常测序中实现分数和拷贝数估计的算法
文件大小：3.09MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-28 11:52:59
R 方面 从肿瘤/正常测序中实现分数和等位基因特定拷贝数估计的算法。 Travis CI （ Linux和macOS ） 测试范围 您可以使用以下命令安装当前版本（以及小插图） devtools :: install_github( " mskcc/facets " , build_vignettes = TRUE ) pctGCdata是必需的软件包。 因此也要安装（只需完成一次） devtools :: install_github( " mskcc/pctGCdata " ) 如果您收到有关pctGCdata使用的错误消息 devtools :: install_github( " veseshan/pctGCdata " ) 笔记 2016_11_11（版本0.5.6） 新版本估计对应于二倍体状态的对数比水平。 它被嵌入到procSample调用中。 在使用软件包方

【文件预览】：
facets-master
----.gitignore(60B)
----NAMESPACE(272B)
----vignettes()
--------FACETS.bib(1KB)
--------FACETS.pdf(795KB)
--------FACETS.Rnw(10KB)
----R()
--------facets-cncf.R(7KB)
--------facets-segment.R(9KB)
--------facets-clustersegs.R(5KB)
--------facets-findDipLogR.R(15KB)
--------facets-procreads.R(4KB)
--------facets-wrapper.R(11KB)
--------facets-emcncf.R(15KB)
----src()
--------rshared.c(161B)
--------scansnp-random.f(2KB)
--------cbs2rank.f(8KB)
----.Rbuildignore(87B)
----.travis.yml(866B)
----man()
--------fitcncf.Rd(866B)
--------logRlogORspider.Rd(1KB)
--------readSnpMatrix.Rd(3KB)
--------plotSample.Rd(929B)
--------facets-defunct.Rd(212B)
--------facets-package.Rd(835B)
--------preProcSample.Rd(3KB)
--------emcncf.Rd(1KB)
--------facets-internal.Rd(1KB)
--------procSample.Rd(2KB)
----README.md(2KB)
----tests()
--------facets-eg.R(820B)
----inst()
--------ChangeLog(4KB)
--------extRfns()
--------extcode()
--------extdata()
----DESCRIPTION(462B)