文件名称：NanoGrid:用于SGE的纳米抛光包装纸
文件大小：9KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-19 02:16:48
Shell
纳米网格 该发行版是围绕框架的并行包装。管道由bash脚本组成。 它要求纳米抛光版本> = 0.10，较旧的版本可能无法正常工作。 如果您具有超长读取，则必须具有samtools版本> 1.5或更高版本，否则管道将无法工作。 当前管道已设计为在SGE / SLURM调度系统上运行，并具有硬编码的网格资源请求参数。 您必须编辑nano.sh以匹配您的网格选项。 从原则上讲，可以在其他Grid Engine上运行，但是需要编辑所有shell脚本以不使用SGE_TASK_ID，而是使用适合您的网格环境的变量，并将nano.sh中的qsub命令编辑为适合您的网格环境的命令。 要运行管道，您需要： 您必须具有可以正常工作的Nanopolish的安装，并从您放置Nanopolish的任何位置对目录进行符号链接。 您的路径中还必须具有有效的minimap2，h5ls和samtools。 运行指定
【文件预览】：
NanoGrid-master
----extract.sh(2KB)
----map.sh(2KB)
----nano.sh(6KB)
----nanoParallelSGE.sh(3KB)
----LICENSE(1KB)
----merge.sh(1KB)
----README.md(2KB)
----CONFIG(25B)