文件名称：deepbgc:使用深度学习进行BGC检测和分类
文件大小：557KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-04 15:01:43
python deep-learning synthetic-biology bidirectional-lstm natural-products
DeepBGC：生物合成基因簇的检测和分类 DeepBGC使用深度学习来检测细菌和真菌基因组中的BGC。 DeepBGC使用双向长期短期记忆递归神经网络和Pfam蛋白域的word2vec样载体嵌入。 使用随机森林分类器预测产品类别和检测到的BGC的活性。 :pushpin: 消息 :pushpin: DeepBGC 0.1.23：预测BGCs现在可以在antiSMASH使用JSON输出文件被上传用于可视化 根据以下说明，照常安装和运行DeepBGC 上传antismash.json从DeepBGC输出文件夹使用“上传额外的注释” 页 预测的BGC区域及其预测分数将与antiSMASH BGC一起显示 刊物 用于生物合成基因簇预测的深度学习基因组挖掘策略Geoffrey D Hannigan，David Prihoda等人，《核酸研究》，gkz654， //doi.org/10.1093/nar/gkz654 使用
【文件预览】：
deepbgc-master
----.travis.yml(270B)
----images()
--------deepbgc.architecture.png(75KB)
--------deepbgc.bgc.png(55KB)
--------deepbgc.pipeline.png(120KB)
----deepbgc()
--------models()
--------pipeline()
--------main.py(4KB)
--------command()
--------features.py(11KB)
--------util.py(27KB)
--------output()
--------__init__.py(171B)
--------__version__.py(23B)
--------data.py(3KB)
----test()
--------data()
--------unit()
--------__init__.py(0B)
--------test_util.py(683B)
--------integration()
----LICENSE(1KB)
----LICENSES_THIRD_PARTY(2KB)
----setup.py(2KB)
----.gitignore(68B)
----Makefile(1002B)
----README.md(9KB)