【文件属性】：
文件名称：deepbgc:使用深度学习进行BGC检测和分类
文件大小：557KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-15 21:15:03
python deep-learning synthetic-biology bidirectional-lstm natural-products
DeepBGC：生物合成基因簇的检测和分类
DeepBGC使用深度学习来检测细菌和真菌基因组中的BGC。 DeepBGC使用双向长期短期记忆递归神经网络和Pfam蛋白域的word2vec样载体嵌入。 使用随机森林分类器预测产品类别和检测到的BGC的活性。
:pushpin: 消息 :pushpin:
DeepBGC 0.1.23：预测BGCs现在可以在antiSMASH使用JSON输出文件被上传用于可视化
根据以下说明，照常安装和运行DeepBGC
上传antismash.json从DeepBGC输出文件夹使用“上传额外的注释” 页
预测的BGC区域及其预测分数将与antiSMASH BGC一起显示
刊物
用于生物合成基因簇预测的深度学习基因组挖掘策略Geoffrey D Hannigan，David Prihoda等人，《核酸研究》，gkz654， //doi.org/10.1093/nar/gkz654
使用
【文件预览】：
deepbgc-master
----.travis.yml(270B)
----images()
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--------deepbgc.bgc.png(55KB)
--------deepbgc.pipeline.png(120KB)
----deepbgc()
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--------pipeline()
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----Makefile(1002B)
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