文件名称：GenePattern_NGCHM_BasicBuilder：一个GenePattern模块，用于在GenePattern笔记本中构建NGCHM
文件大小：34.21MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-08 16:22:01
R
Next.Gen.Cluster.Heat.Map.Builder 一个GenePattern模块，用于在GenePattern笔记本中构建下一代群集热图。 将Next.Gen.Cluster.Heat.Map.Builder与GenePattern Notebook一起使用 键入“ jupyter notebook”以启动，通过单击屏幕右侧的“新建”来创建新的python笔记本，然后选择“ Python 3”。 单击“工具”以插入GenePattern登录单元，然后登录。 单击“工具”，滚动查找Next.Gen.Cluster.Heat.Map.Builder模块，然后插入。 在“输入文件名”字段上载矩阵文件。 通过展开单元格底部的“协变量”，上传协变量文件（如果可用）。 进行其他调整或使用默认设置。 单击运行。 使用查看生成的ngchm文件。 将ngchm文件拖到Next
【文件预览】：
GenePattern_NGCHM_BasicBuilder-master
----docs()
--------_config.yml(25B)
--------index.md(6KB)
----doc.html(265B)
----build.xml(688B)
----mda_heatmap_gen()
--------heatmap.sh(13KB)
--------gctTotsv.R(326B)
--------GalaxyMapGen.jar(34.58MB)
--------CHM.R(6KB)
--------xcluster2r.R(6KB)
--------mda_heatmap_gen.py(12KB)
--------xclust2hclust.R(3KB)
----Dockerfile(743B)
----ScreenShotOfBuilder.png(107KB)
----Requirements.R(236B)
----.gitignore(25B)
----test_data()
--------400x400-column-covariate.txt(7KB)
--------400x400-row-covariate.txt(5KB)
--------matrix_50x50.gct(18KB)
--------matrix_50x50_cov_row_discrete.tsv(882B)
--------matrix_50x50_cov_col_continuous.tsv(1KB)
--------400x400.tsv(1.15MB)
--------matrix_50x50.cdt(27KB)
--------matrix_50x50.atr(2KB)
--------matrix_50x50.gtr(2KB)
--------matrix_50x50.tsv(18KB)
----paramgroups.json(544B)
----README.md(3KB)
----manifest(9KB)
----build()
--------Next.Gen.Cluster.Heat.Map.Builder-1.0.zip(3KB)