文件名称：Tempora：用于时序scRNAseq数据的基于路径的轨迹推断方法
文件大小：30KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-02 20:52:49
R
Tempora：使用时间序列单细胞RNA测序数据推断细胞轨迹 介绍 Tempora是一种新颖的细胞轨迹推断方法，它使用来自时间序列scRNAseq数据的时间信息对细胞进行排序。 Tempora使用生物途径信息来帮助识别细胞类型关系，并可以识别重要的时间依赖性途径来帮助解释推断的轨迹。 用法 安装 您可以使用devtools安装Tempora： if ( ! require( ' devtools ' )) { # install devtools install.packages( " devtools " ) } # install Tempora devtools :: install_github( " BaderLab/Tempora " ) library( Tempora ) 样本数据 Tempora软件包已使用以下三个数据集进行了验证：人骨骼肌成肌细胞的体外分化，鼠
【文件预览】：
Tempora-master
----README.Rmd(6KB)
----man()
--------PlotVaryingPWs.Rd(462B)
--------IdentifyCellTypes.Rd(1KB)
--------CreateTemporaObject.Rd(2KB)
--------ImportSeuratObject.Rd(3KB)
--------CalculatePWProfiles.Rd(2KB)
--------Tempora-class.Rd(4KB)
--------IdentifyVaryingPWs.Rd(622B)
--------getExpr.Rd(2KB)
--------PlotTrajectory.Rd(678B)
--------getMD.Rd(1021B)
--------BuildTrajectory.Rd(1KB)
----Tempora.Rproj(356B)
----NAMESPACE(2KB)
----LICENSE(1KB)
----.gitignore(40B)
----R()
--------CalculatePWProfiles.R(3KB)
--------IdentifyVaryingPWs.R(3KB)
--------TemporaObjClass.R(17KB)
--------BuildTrajectory.R(3KB)
--------IdentifyCellTypes.R(2KB)
--------dataAccess.R(5KB)
--------Visualize.R(5KB)
--------PlotVaryingPWs.R(3KB)
----DESCRIPTION(1KB)
----README.md(8KB)