文件名称：CFR_calculation
文件大小：9.81MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-03-29 13:27:00
HTML
随时间推移估计有症状的COVID-19病例的不确定性 该存储库包含用于运行推理框架的代码，该框架估计COVID-19案例的时变确定率（ ）。 为此，我们使用高斯过程建模框架，使其适合所讨论国家或地区的已确认COVID-19死亡时间序列（有关方法和限制的更多详细信息，请参阅）。 要运行代码，首先使用以下命令克隆此存储库 git clone https://github.com/thimotei/CFR_calculation 时变估计值是通过拟合greta Process模型greta ，该模型在R库greta和greta.gp 。 这些需要从虚拟环境中运行，这在运行模型的脚本中得到了照顾。 具体来说，用户需要运行以下命令以确保安装了必要的软件包 install.packages(c( " reticulate " , " greta " , " greta.gp " )) retic
【文件预览】：
CFR_calculation-master
----bin()
--------push_to_cmmid_manual.R(336B)
--------push_to_cmmid.sh(1KB)
----man()
--------report-yaml.md(625B)
----Rmd()
--------global_cfr_estimates_personal.html(7.27MB)
--------resources()
--------global_cfr_estimates_public.html(6.52MB)
--------global_cfr_estimates_personal.rmd(19KB)
--------global_cfr_estimates_public.rmd(20KB)
----hpc_scripts()
--------run_simulation.R(2KB)
--------get_epi_data.r(804B)
--------adjusted_cfr.R(4KB)
--------import_all_HPC_data.R(2KB)
--------data_download.R(2KB)
--------Makefile(546B)
----.gitignore(138B)
----R()
--------jhu_data_import.R(4KB)
--------scale_cfr.R(899B)
--------run_bayesian_model.R(5KB)
--------cases_known_convolution.R(1KB)
--------delay_distributions.R(689B)
--------scale_cfr_temporal.R(1011B)
--------table_of_estimates.R(1013B)
----README.md(2KB)
----scripts()
--------main_script_static.R(4KB)
--------main_script_GP.R(2KB)