【文件属性】：
文件名称：conda-r-python-snakemake:通过Conda使用R，Python和Snakemake进行可重现的分析
文件大小：10KB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-03-13 01:12:10
Shell
在Conda环境中安装R，Python和Snakemake
通过Conda使用R，Python和Snakemake进行可重现的分析
该存储库包含安装脚本，用于自动安装R，Python和Snakemake以及在conda环境中用于生物信息学和数据科学项目的其他软件。 安装程序将安装1）r-base和r-essentials，2）python，JupyterLab和核心SciPy软件包，以及3）Snakemake工作流管理系统，允许在本地，群集和云平台上进行交互式或批处理分析。
安装程序还将通过创建以下项目来简化conda env中R的设置：项目级别的.Rprofile和.Renvironment文件，用于在R中设置项目级别的工作目录的.here文件，以及用于临时安装R的外部R库目录R软件包尚未在conda-forge或bioconda渠道上发布。
重要的是，当将R与conda一起使用时
【文件预览】：
conda-r-python-snakemake-main
----setup_irkernal.R(622B)
----setup_R.sh(3KB)
----start_Rstudio.sh(2KB)
----install_miniconda.sh(3KB)
----.Rhistory(0B)
----add_external_lib_path.R(1KB)
----README.md(6KB)
----.gitignore(2KB)
----create_env.sh(2KB)