文件名称：Conda_Snakemake_Example
文件大小：4KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-06 22:09:04
Python
condaSnakemake示例 在HPC集群上演示Conda软件包管理和Snakemake管道执行。 该管道也应在您的工作站上运行。 大纲：果蝇细胞系中MSL2的一个样品ChIP-Seq。 从SRA获取数据。 对齐读数，调用峰，创建用于浏览的bigwig文件并从Rmd脚本生成HTML报告。 先决条件 在集群项目目录中，按照以下说明安装Miniconda： ://docs.conda.io/projects/conda/zh/latest/user-guide/install/ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 正在安装 将此存储库克隆到您的集群项目目录中 git clone https://github.com/bmc-CompBio/Conda_Snakemake_Example.git 创建conda环境并激活它 conda env
【文件预览】：
Conda_Snakemake_Example-master
----Snakefile(3KB)
----showcase.Rmd(2KB)
----cluster.json(493B)
----.gitignore(45B)
----environment.yaml(461B)
----README.md(1KB)