【文件属性】:
文件名称:Conda_Snakemake_Example
文件大小:4KB
文件格式:ZIP
更新时间:2021-04-17 04:22:24
Python
condaSnakemake示例
在HPC集群上演示Conda软件包管理和Snakemake管道执行。 该管道也应在您的工作站上运行。
大纲:果蝇细胞系中MSL2的一个样品ChIP-Seq。 从SRA获取数据。 对齐读数,调用峰,创建用于浏览的bigwig文件并从Rmd脚本生成HTML报告。
先决条件
在集群项目目录中,按照以下说明安装Miniconda: ://docs.conda.io/projects/conda/zh/latest/user-guide/install/
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
正在安装
将此存储库克隆到您的集群项目目录中
git clone https://github.com/bmc-CompBio/Conda_Snakemake_Example.git
创建conda环境并激活它
conda env
【文件预览】:
Conda_Snakemake_Example-master
----Snakefile(3KB)
----showcase.Rmd(2KB)
----cluster.json(493B)
----.gitignore(45B)
----environment.yaml(461B)
----README.md(1KB)