【文件属性】：
文件名称：ggsashimi:用于可视化跨多个样本的拼接事件的命令行工具
文件大小：6.11MB
文件格式：ZIP
更新时间：2021-05-03 14:50:46
Python
ggsashimi
用于可视化跨多个样本的拼接事件的命令行工具
安装
ggsashimi脚本可以直接从此存储库下载：
wget https://raw.githubusercontent.com/guigolab/ggsashimi/master/ggsashimi.py
更改执行权限：
chmod u+x ggsashimi.py
如果已经安装了所有依赖项（请参见下文），则可以直接执行脚本：
./ggsashimi.py --help
要下载包括dockerfile和示例文件的整个存储库，请执行以下操作：
git clone https://github.com/guigolab/ggsashimi.git
依存关系
为了运行ggsashimi ，需要以下软件组件和软件包：
python（2.7或3）
pysam（> = 0.10.0）
R（> = 3.3）
gg
【文件预览】：
ggsashimi-master
----.gitignore(55B)
----requirements.txt(13B)
----DEVELOPMENT.md(953B)
----.bumpversion.cfg(357B)
----LICENSE(1KB)
----.github()
--------stale.yml(685B)
--------ISSUE_TEMPLATE()
--------workflows()
----examples()
--------sashimi.pdf(43KB)
--------input_bams.tsv(824B)
--------sashimi.tiff(307KB)
--------annotation.gtf(150KB)
--------bams()
--------palette.txt(31B)
--------sashimi_igv.png(29KB)
--------example_run.sh(689B)
----test_sashimi.py(3KB)
----requirements.dev.txt(7B)
----README.md(5KB)
----ggsashimi.py(50KB)
----sashimi.png(481KB)
----conda()
--------env-r3.3.2.yml(202B)
--------env-r3.4.1.yml(202B)
----docker()
--------Dockerfile(2KB)