文件名称：颜色分类leetcode-Metatranscriptome-Workshop:元转录组学教程
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更新时间：2024-07-26 16:39:13
系统开源
颜色分类leetcode 元转录组学实践实验室 这项工作是根据 . 这意味着您可以复制、共享和修改作品，只要结果是在同一许可下分发的。 本教程由 Mobolaji Adeolu (), John Parkinson () & Xuejian Xiong () 制作 概述 本教程将带您了解处理元转录组数据的管道。 由帕金森实验室开发的管道包括以下各个步骤： 删除在文库准备和测序步骤中添加的适配器序列，并修剪低质量的碱基和测序读数。 删除重复读取以减少以下步骤的处理时间。 去除载体污染（来自克隆载体、spike-ins 和引物的读数）。 删除宿主读数（如果探索宿主存在问题的微生物组）。 尽管使用了 rRNA 去除试剂盒，但去除了通常在元转录组数据集中占主导地位的丰富 rRNA 序列。 将在步骤 2 中删除的重复读取添加回数据集以提高程序集的质量。 将读取分类到已知的分类组并可视化数据集的分类组成。 将读取组装到重叠群中以提高注释质量。 注释读取已知基因。 将识别的基因映射到 swiss-prot 数据库以识别酶功能 生成与每个基因相关的标准化表达值。 在 Cytoscape 中使用 KEG
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Metatranscriptome-Workshop-master
----README.md(39KB)