文件名称：svimmer:结构变体合并工具
文件大小：18KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-18 14:14:53
Python
svimmer - SV 合并工具 从多个单个样本VCF文件中合并相似的SV。 该工具是为合并使用 Manta 调用发现的 SV 而编写的，但应该支持（几乎）任何 SV VCF。 输出是一个 VCF 文件，其中包含所有合并的 SV 站点（没有调用）。 输出可以作为输入到以对站点进行基因分型。 要求 Python 3.4+ 比萨姆 用法 python3 svimmer input_vcfs chrA chrB chrC ... 其中输入是 tabix 索引+bgzipped VCF 文件的列表，染色体是要合并的染色体。 有关更多详细信息，请参阅帮助页面： python3 svimmer -h 测试数据示例 python3 svimmer test_vcfs chr20 > test/actual_output.vcf diff test/actual_output.vcf test/e
【文件预览】：
svimmer-master
----test()
--------expected_output.vcf(10KB)
--------HG004_30x_Manta_v1.6.0_test_data.vcf.gz.tbi(446B)
--------HG002_30x_Manta_v1.6.0_test_data.vcf.gz.tbi(393B)
--------HG003_30x_Manta_v1.6.0_test_data.vcf.gz(2KB)
--------HG003_30x_Manta_v1.6.0_test_data.vcf.gz.tbi(377B)
--------HG002_30x_Manta_v1.6.0_test_data.vcf.gz(2KB)
--------HG004_30x_Manta_v1.6.0_test_data.vcf.gz(2KB)
----README.md(837B)
----sv.py(8KB)
----svimmer(7KB)
----utilities.py(4KB)
----.gitignore(106B)
----test_vcfs(135B)