文件名称：CSBB-v3.0:CSBB-生物信息学家和生物学家计算套件-开源
文件大小：8.04MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-05-15 02:48:06
开源软件
CSBB是基于命令行的生物信息学套件，可分析通过各种生物实验途径获得的生物数据。 CSBB在Perl中实现，同时还利用R，java，python和ruby在后台对特定模块进行了使用。 CSBB的主要重点是使生物学和生物信息学界的用户受益于执行下游分析任务，而无需编写程序代码。 CSBB当前在Linux和UNIX上可用。 当前，CSBB提供了18个模块，专注于分析任务，例如执行上分位数归一化，交互式可视化和下一代测序管线。 CSBB现在还具有处理公共数据的能力。 为用户提供端到端管道体验。
【文件预览】：
CSBB-v3.0
----.gitignore(321B)
----.git()
--------info()
--------objects()
--------HEAD(23B)
--------description(73B)
--------packed-refs(107B)
--------config(310B)
--------index(4KB)
--------refs()
--------hooks()
--------logs()
----WhitePaper.doc(623KB)
----Modules()
--------extract_gene_info.pl(2KB)
--------getbrew_Linux_Redhat.pl(2KB)
--------NMF.r(2KB)
--------Install_RSEM_Linux.pl(488B)
--------obtain_positive_negative_correlation_set.pl(2KB)
--------RNA-SEQ_SINGLE-END.sh(798B)
--------Install_RSEM_MAC.pl(421B)
--------CHIP-ATAC-Seq_PairedEnd.sh(2KB)
--------Uquantile_normalization.r(975B)
--------Download_RSEM_Bowtie2_Indexes_Sourceforge.pl(4KB)
--------Line_Graph.r(2KB)
--------RUVseq.r(4KB)
--------TPM_COUNT_Matrix_CSBB.pl(5KB)
--------CHIP-ATAC-Seq_SingleEnd.sh(1KB)
--------Bedgraph_Bigwig_MAC()
--------RUVseq_with_empirical.r(4KB)
--------Zscore_Calculator.r(450B)
--------Row_Col_Clust_Correlation_input.r(3KB)
--------Col_Clust.r(5KB)
--------Interactive_ScatterPlot.r(3KB)
--------Biogrid_ppi_Mouse.pl(4KB)
--------getbrew_MAC.pl(2KB)
--------RNA-SEQ_PAIRED-END.sh(862B)
--------getbrew_Linux.pl(2KB)
--------Row_Clust.r(5KB)
--------Biogrid_ppi_Human.pl(4KB)
--------Bedgraph_Bigwig_Linux()
--------Install_SRAtoolkit_Linux.pl(792B)
--------Row_Col_Clust.r(5KB)
--------Install_SRAtoolkit_Mac.pl(473B)
--------PCA.r(3KB)
--------Download_Files_from_sourceforge.pl(2KB)
--------BasicStats.r(1KB)
--------Correlation_for_Matrix.r(480B)
----LICENSE(34KB)
----CSBB-v3.0_Linux.pl(84KB)
----CSBB-v3.0_MacOS.pl(80KB)
----README.md(22KB)
----Test_Files()
--------Data_file.txt(28KB)
--------SRA_DATA_TABLE.txt(476B)
--------SingleEnd_RNA-seq.fastq.gz(1.18MB)
----README(23KB)