文件名称：CSBB-v3.0:CSBB-生物信息学家和生物学家计算套件
文件大小：3.76MB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-06 18:00:11
rna-seq statistics correlation heatmap pipelines
CSBB-v3.0 CSBB-生物信息学家和生物学家计算套件->->-> version3.0 开发人员：Praneet Chaturvedi，辛辛那提儿童医院和医疗中心生物信息学高级分析师 CSBB提供了18个模块，专注于分析任务，例如执行上分位数归一化，交互式可视化和下一代测序管线。 CSBB现在还具有处理公共数据的能力。 为用户提供端到端管道体验。 下面给出了有关如何执行每个模块的详细说明。 另请参阅包装中的白皮书以获取每个模块的详细说明！！！ Step 1: Open the terminal/Command prompt in MAC OS, LINUX & Windows respectively. Step 2: Browse to the directory where you have saved the package. ================= cd —
【文件预览】：
CSBB-v3.0-master
----CSBB-v3.0_MacOS.pl(80KB)
----WhitePaper.doc(623KB)
----Modules()
--------CHIP-ATAC-Seq_PairedEnd.sh(2KB)
--------BasicStats.r(1KB)
--------Download_RSEM_Bowtie2_Indexes_Sourceforge.pl(4KB)
--------Line_Graph.r(2KB)
--------Col_Clust.r(5KB)
--------Install_RSEM_Linux.pl(488B)
--------Install_RSEM_MAC.pl(421B)
--------Row_Clust.r(5KB)
--------RUVseq.r(4KB)
--------Bedgraph_Bigwig_MAC()
--------RNA-SEQ_PAIRED-END.sh(862B)
--------Biogrid_ppi_Mouse.pl(4KB)
--------extract_gene_info.pl(2KB)
--------Row_Col_Clust.r(5KB)
--------Uquantile_normalization.r(975B)
--------getbrew_Linux_Redhat.pl(2KB)
--------TPM_COUNT_Matrix_CSBB.pl(5KB)
--------PCA.r(3KB)
--------Bedgraph_Bigwig_Linux()
--------Install_SRAtoolkit_Mac.pl(473B)
--------Biogrid_ppi_Human.pl(4KB)
--------getbrew_MAC.pl(2KB)
--------NMF.r(2KB)
--------Row_Col_Clust_Correlation_input.r(3KB)
--------RNA-SEQ_SINGLE-END.sh(798B)
--------Zscore_Calculator.r(450B)
--------RUVseq_with_empirical.r(4KB)
--------getbrew_Linux.pl(2KB)
--------CHIP-ATAC-Seq_SingleEnd.sh(1KB)
--------obtain_positive_negative_correlation_set.pl(2KB)
--------Interactive_ScatterPlot.r(3KB)
--------Correlation_for_Matrix.r(480B)
--------Install_SRAtoolkit_Linux.pl(792B)
--------Download_Files_from_sourceforge.pl(2KB)
----LICENSE(34KB)
----README.md(23KB)
----.gitignore(321B)
----README(23KB)
----Test_Files()
--------Data_file.txt(28KB)
--------SingleEnd_RNA-seq.fastq.gz(1.18MB)
--------SRA_DATA_TABLE.txt(476B)
----CSBB-v3.0_Linux.pl(84KB)