MilkDNA:用于共享数据和分析论文提交的回购

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文件名称：MilkDNA:用于共享数据和分析论文提交的回购

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更新时间：2024-05-17 14:18:02

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牛奶DNA 分析和数据支持： -审查中 以下脚本如下所述。 每个输入和输出数据集都在相应的* .Rmd文件中指示。 最终输出可以在相应HTML文件中找到。 如有疑问或其他信息，请联系： 食用动物微生物学DVM博士助理教授Erika Ganda 宾夕法尼亚州立大学psu dot edu的ganda 下图提供了研究概述： 研究概述。 每个面板描绘了评估的每个方面的设计，以及相应的生物学和技术重复次数。 对于每个实验重复，一式两份地进行qPCR测定。 计算（A）中牛，Total 16S，芽孢杆菌，李斯特菌，分枝杆菌和沙门氏菌的拷贝数； （C）中的牛，Total 16S，李斯特菌和沙门氏菌，并且在（B）和（D）中仅计算牛和Total 16S，因为未进行接种。 A.DNAResults.Rmd 概述： 该脚本将使用各种方法数据在DNA提取中加载qPCR结果，使用模型比较方法之间的估计边际平

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MilkDNA-master
----Inputs()
--------DNAconcentrations.txt(17KB)
--------CountData.txt(4KB)
--------CleanDNAprepData1.18.19.txt(932KB)
--------SelectiveLysisData.txt(62KB)
--------SequencingResults.csv(3KB)
--------PMAconcentration.txt(51KB)
--------OpenRefineHostDepletionData1.23.19.txt(34KB)
----PMAconcentrations.Rmd(10KB)
----PMAconcentrations.html(1.7MB)
----SelectiveLysisEnzymePMA.html(852KB)
----KitProtocols()
--------ZymoBIOMICs_DNARNA_mini_kit.pdf(493KB)
--------Extraction of RNA from Milk using EZNA HP Total RNA kit.docx(156KB)
--------MagMAX_CORE_Nucleic_Acid_Isolation_kit.pdf(482KB)
--------Quant_iT_dsDNA_HS_Assay_UG.pdf(370KB)
--------Rneasy_Handbook_Rneasy_and_milk_leukocytes.pdf(1.32MB)
--------RNeasy_Protect_Bacteria_Mini_Kit.pdf(412KB)
--------EZNA_HP_Total_RNA_Kit.pdf(417KB)
--------AllPrep_PowerViral_DNARNA_kit.pdf(365KB)
--------HB-MagAttract_Mastitis.pdf(215KB)
--------DNeasy_PowerFood.pdf(253KB)
--------MagAttract_Mastitis_quickstart.pdf(84KB)
--------MagAttract_PowerMicrobiome_DNARNA.pdf(537KB)
--------DNeasyY_PowerSoil_Pro.pdf(340KB)
--------Selective Lysis with NP-40.docx(14KB)
--------Rneasy and milk leukocytes.pdf(106KB)
--------MD-DNA-SOP-016-V01WGS_MagMAX CORE_UncontrolledCopy.docx(39KB)
--------EZNA-Food-DNA-Kit.pdf(339KB)
--------MD-DNA-SOP-MagAttract Mastitis Uncontrolled.docx(38KB)
--------MAN0017800_MMCOREMastitisModule_UG.pdf(317KB)
--------NEBNext.pdf(316KB)
--------Extraction of RNA from Milk using EZNA HP Total RNA kit.pdf(56KB)
--------RNwasyQuickStarts.docx(544KB)
--------MAN0015944_MagMAXCORE_NA_Kit_UG.pdf(455KB)
----MilkDNA.Rproj(205B)
----JDS_analysis.R(4KB)
----na_summary.tsv(523B)
----.DS_Store(6KB)
----DNAResults.Rmd(122KB)
----DNAconcentrations.html(619KB)
----SelectiveLysisEnzymePMA.Rmd(5KB)
----DNAResults.html(14.46MB)
----SequencingResults.Rmd(633B)
----HostDepletionKitComparison.html(3.19MB)
----.gitignore(55B)
----DNAconcentrations.Rmd(1KB)
----SequencingResults.html(618KB)
----README.md(3KB)
----HostDepletionKitComparison.Rmd(23KB)
----multiple_comparisons.txt(8KB)