tximport:为基因水平分析导入和总结转录水平估计

时间:2021-08-05 05:14:21
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文件名称:tximport:为基因水平分析导入和总结转录水平估计
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更新时间:2021-08-05 05:14:21
bioconductor rnaseq deseq2 R 导入 为转录本和基因水平分析导入和总结转录本水平估计 方法和分析的描述在: 夏洛特·索尼森、迈克尔·爱、马克·D·罗宾逊。 , F1000Research ,4: 1521,2015年 12 月。doi:10.12688/f1000research.7563.1 导入转录本水平的丰度、估计的计数和转录本长度,并汇总到矩阵中以用于下游统计分析包,如 edgeR、DESeq2、limma-voom。 由样本特定转录本丰度估计加权的平均转录本长度作为矩阵提供,可用作基因水平计数不同表达的偏移量。 请参阅示例。 笔记: 从版本 1.3.9 开始,tximport 将从 Salmon、Sailfish 或 kallisto 导入推理复制(Gibbs 样本或引导样本)。 尽管我们在这里提供了使用汇总的转录水平估计进行基因水平差异表达的功能,但这并不意味着我们建议用户只进行基因水平分析。 基
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