文件名称：IARC-nf:IARC生物信息学nextflow管道列表
文件大小：205KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-13 07:37:10
bioinformatics pipeline nextflow cancer ngs
IARC生物信息学nextflow管道（于05/11/2020更新） 该页面列出了IARC开发的所有管道（大多数是-nf后缀的nextflow管道），并说明了如何使用它们（在页面底部） IARC管道清单 原始NGS数据处理 名称 最新版本 保持 描述 使用的工具 v1.2-2020年7月 是的 执行BAM重新对齐或fastq对齐，有/无本地indel重新对齐和基本质量得分重新校准 ， ， ， ， ， ， ， 2018年11月 ？ 按照GATK4最佳做法执行bwa对齐和预处理（标记重复和重新校准）-与hg38兼容 ， ， ， sambamba ， qualimap BQSR-nf v1.1-2020年4月 是的 使用GATK执行bam文件的基本质量得分重新校准 samtools ， samblaster ，桑巴巴， GATK 亚伯拉夫 v3.0-2020年4
【文件预览】：
IARC-nf-master
----LICENSE(34KB)
----Pipelines-rnaseq.jpg(221KB)
----README.md(23KB)