文件名称：isvda:迭代小变异检测算法
文件大小：40KB
文件格式：ZIP
更新时间：2024-06-24 06:48:07
Python
独立软件开发署 迭代小变体发现算法 先决条件 Python 2.7 加++ SAM工具 BWA/Bowtie2（ISVDA支持BWA和Bowtie2，根据我们的实验，BWA运行速度更快，所以默认支持BWA，可以使用-e表示使用Bowtie2） Freebayes（要使用ISVDA的多线程模式，必须从下载并行版本的Freebayes，并使用--parallel_freebayes表示目录） 安装 下载存储库 cd isvda 制作 用法： 多线程模式快速使用：（这需要PATH中的samtools和bwa，即可以直接运行samtools和bwa。这也需要正确指示freebayes-parallel目录。） python isvda.py -r whole_genome.fa -p 1.fastq 2.fastq -i 6 -w workspace_directory -t 8 -
【文件预览】：
isvda-master
----convert_coordinate_ref2donor.py(3KB)
----modify_genome_with_small_variants(83KB)
----modify_genome_with_small_variants.cpp(20KB)
----recover_coordinate_donor2ref.py(5KB)
----create_recover_position.py(2KB)
----README.md(954B)
----makefile(454B)
----isvda.py(16KB)